使用できる要素fooの親要素の名前であると仮定しますmain
<xsl:stylesheet
  xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform"
  version="2.0">
<xsl:template match="@* | node()">
  <xsl:copy>
    <xsl:apply-templates select="@* , node()"/>
  </xsl:copy>
</xsl:template>
<xsl:template match="foo[some $m in main satisfies $m/username != main/username]/main[1]/username">
  <xsl:copy/>
</xsl:template>
</xsl:stylesheet>
入力サンプルは次のとおりです。
<root>
  <foo>
     <main>
       <input1/>
       <input2/>
       <input3/>
       <input4/>
       <input5/>
       <inside/>
       <username>u1</username>
       <address/>
     </main>
     <main>
       <input1/>
       <input2/>
       <input3/>
       <input4/>
       <input5/>
       <inside/>
       <username>u1</username>
       <address/>
     </main>
     <main>
       <input1/>
       <input2/>
       <input3/>
       <input4/>
       <input5/>
       <inside/>
       <username>u2</username>
       <address/>
     </main>
     <main>
       <input1/>
       <input2/>
       <input3/>
       <input4/>
       <input5/>
       <inside/>
       <username>u1</username>
       <address/>
     </main>
  </foo>
</root>
スタイルシートをSaxon9.4で適用すると、次のように出力されます。
<root>
  <foo>
     <main>
       <input1/>
       <input2/>
       <input3/>
       <input4/>
       <input5/>
       <inside/>
       <username/>
       <address/>
     </main>
     <main>
       <input1/>
       <input2/>
       <input3/>
       <input4/>
       <input5/>
       <inside/>
       <username>u1</username>
       <address/>
     </main>
     <main>
       <input1/>
       <input2/>
       <input3/>
       <input4/>
       <input5/>
       <inside/>
       <username>u2</username>
       <address/>
     </main>
     <main>
       <input1/>
       <input2/>
       <input3/>
       <input4/>
       <input5/>
       <inside/>
       <username>u1</username>
       <address/>
     </main>
  </foo>
</root>
ここで、他のものとは異なるaを持つものがあるためusername、最初のmainは空になります。mainusername
[編集]答えが受け入れられたので少し混乱していますが、コメントにはXSLT1.0ソリューションが必要だと書かれています。以下にXSLT1.0スタイルシートを提供します。
<xsl:stylesheet
  xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform"
  version="1.0">
<xsl:template match="@* | node()">
  <xsl:copy>
    <xsl:apply-templates select="@* | node()"/>
  </xsl:copy>
</xsl:template>
<xsl:template match="foo[main[username != ../main/username]]/main[1]/username">
  <xsl:copy/>
</xsl:template>
</xsl:stylesheet>