これはうまくいくかもしれません:
HTML
<div id="wrapper">
<div id="left-column"></div>
<div id="right-column"></div>
</div>
<div id="footer">
</div>
CSS
body, html {height:100%; padding:0; margin:0;}
#wrapper {height:100%; padding:0 0 60px 260px; box-sizing:border-box; -moz-box-sizing:border-box;}
#left-column {width:260px; margin-left:-260px; float:left; height:100%; background-color:red; overflow-y:scroll;}
#right-column {width:100%; float:left; height:100%; background-color:blue; overflow-y:scroll;}
#footer {height:60px; position:fixed; bottom:0; left:0; width:100%; background-color:green;}
http://jsfiddle.net/rGBAt/1/
現時点では、overflow-y がスクロールするように設定されていますが、jquery を使用して追加することをお勧めします。そのため、Chrome などのブラウザーにスクロールバーが常に追加されるとは限らず、Twitter ブートストラップと互換性があるかどうかはわかりません
このバージョンでは、コンテンツが大きくなりすぎるとオーバーフローが追加されます。
http://jsfiddle.net/rGBAt/7/