python - Windows 7にrpy2をインストールする

Question

自分のコンピューターに rpy2 をインストールしようとしていますが、できませんでした。

ソースパッケージをダウンロードし、コマンドを使用して Rpy2 (rpy2-2.3.2) をインストールしようとしましたpython setup.py install。結果は次のとおりです。

running install
running build
running build_py
running build_ext
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --cppflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config LAPACK_LIBS

returned an empty string.

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config BLAS_LIBS

returned an empty string.

Configuration for R as a library:
    include_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386', 'C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include')
    libraries: ('R',)
    library_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386',)
    extra_link_args: ()
   # OSX-specific (included in extra_link_args)
    framework_dirs: ()
    framework: ()
building 'rpy2.rinterface._rinterface' extension
creating build\temp.win32-2.7
creating build\temp.win32-2.7\Release
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy\rinterface
C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin\gcc.exe -mcygwin -mdll -O -Wall -DWin32=1 -I.\rpy\rinterface -IC:\Python27\include -IC:\Python27\PC -IC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386 -IC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include -c .\rpy\rinterface\_interface.c -o build\temp.win32-2.7\Release\.\rpy\rinterface\_rinterface.o
cc1.exe: error: unrecognized command line option '-mcygwin'
error: command 'gcc' failed with exit status 1

build install私も成功の有無にかかわらず試しeasy_installました。R 2.15.2、Python 2.7.2、および Windows 7 (32 ビット) を使用しています。

私は何を間違っていますか？

PS.そのコマンドを貼り付けると、結果は次のようになります。

Cygwin 警告:

MS-DOS style path detected C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\config.sh
Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/config.sh
CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
    http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames

-LC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386 -lR

Answer 1

わかった。以前の経験から、Windows に rpy2 をインストールする方法についての説明はあまりないことがわかりました。公式にはサポートされていないようですが、それほど難しくはありません。いくつかのステップで、私が行ったことを示します。他の人が従う可能性があります。

これらの手順は、おそらく Python 2.7+ および R 3.2+ でのみ機能しますが、おそらく R 3.0+ で機能します。システムで使用したパスを配置しています。それに応じてパスを変更してください。

まず、これらの手順を試す前に、以前の rpy2 インストールがアンインストールされていることを確認してください (インストール前に R 3.2+ があることは明らかです)。

1. ここから r2py の .whl ファイルをダウンロードします。
2. pip install [put .whl filename here]ファイルがダウンロードされたディレクトリから (コマンド ラインで)を使用して .whl ファイルをインストールします。
3. C:\Program Files\R\R-3.2.0\binPATH 環境変数に似たパスを追加します
4. R_HOME次のような値を持つシステム変数を作成します。C:\Program Files\R\R-3.2.0
5. R_USERユーザー名でシステム変数を作成します
6. R_LIBS_USER外部 R パッケージがインストールされる/インストールされるフォルダーへのパスを含むシステム変数を作成します。

それでおしまい。コマンド プロンプトを開き、次のコマンドを入力しますR。これにより、R セッションが開始され、バージョン情報が表示されます。

Python を開き、次の行を実行して、問題が解決したかどうかを確認します。

import rpy2.robjects as robjects 

うまくいけば、これが役に立ちます。

Answer 2

http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2のバイナリインストーラーを使用して、Windows 8.1 64ビットにrpy2を正常にインストールしました。通常、Windows でパッケージをコンパイルするよりも、バイナリをダウンロードする方がはるかに簡単です。

また、rpy2 バイナリをインストールする前にR_HOME、環境変数 (私の場合は) を設定する必要があります。C:\Program Files\R\R-3.1.1そうRuntimeError: R_HOME not defined.しないと、rpy2 をインポートしようとするとエラーが発生します。( R_HOME Error with rpy2のおかげで)

最後に、 IPython で使用する場合は%load_ext rpy2.ipython代わりに必ず使用してください。%load_ext rmagicこれは、rpy2 バージョン 2.4.0の新機能の 1 つです。

( IPython ノートブックと rmagic/rpy2 のおかげで: モジュール ri2py が見つかりません (OSX 10.8.5、python 2.7、R 3.1) )

Answer 3

また、通常、Rpy2 を Windows で動作させることに成功しませんでした。コンパイル済みのバイナリ2.3.4.win-amd64-py2.7から R2.15 と Rpy2 を数時間ハッキングした後、この質問に従い、代わりにpyperをインストールしました。たぶん、サポートがそこにあるまで、これはあなたのために働くでしょう. 私は、Rpy2 on Windows と IPython ノートブック (%load_ext rmagic) を見たいと思っていますが、それ以上の時間を費やすことができませんでした。

Answer 4

編集最後に、私はそれを機能させることができました!!! 下記参照：

私はこれを機能させるために頭を叩いてきましたが、まだ完全には理解していません。私が見つけたのは、エラー

「sh」は、内部コマンドまたは外部コマンド、操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されません

これは、mingw と Rtools (およびその他の unix のようなヘルパー プログラム) が存在しないことが原因です。( http://sourceforge.net/p/rpy/mailman/message/26549197/ )

Rtools ( http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ ) と mingw ( http://sourceforge.net/projects/mingw-w64/ )をインストールすることで、この段階を通過しました(ただし、 sourceforge.net の mingw-w64 プロジェクトは mingw-w64.org に移行しています。mingw-w64.org を使用することをお勧めします)

R.exe CMD config --ldflags エラーに合格しましたが、行き詰まりました

TypeError: タイプ 'NoneType' のオブジェクトには len() がありません

エラー。私はまだ解決策を探しています!!

これがいつか誰かに役立つことを願っています。

更新:インストールに関連する問題がいくつかあるようです。setup.py は R の正しいバージョンを見つけることができず、コンパイラに問題があります。

したがって、続行する方法：

1. https://pypi.python.org/pypi/rpy2からソース コードをダウンロードします。
2. 環境変数を更新する - ユーザー変数で
   • PATH : R インストールへのパスを追加します。例: ;C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin\x64
   • R_HOME : R へのパスを持つ新しい変数: C:\Program Files\R\R-3.0.2
   • R_USER : ユーザー名 例: john
3. Rtools ( http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ ) と mingw ( http://mingw-w64.org )をインストールします。

4. 123行目あたり前

   return self._version self._version = [3, 0] を追加して、バージョンを強制的に 3.0 にしました (誰かがこれをもっとうまく解決できるかもしれません)

5. ファイル unixccompiler.py の python27/lib/distutils または私の場合は C:\Users(user_name)\AppData\Local\Continuum\Anaconda\Lib\distutils コメント行 227

コンパイラ = os.path.basename(sysconfig.get_config_var("CC")) with # (#compiler = os.path.basename(sysconfig.get_config_var("CC")))

行を追加します

コンパイラ = 'gcc'

その他、インストールにはコマンド プロンプト cmd を使用します。使用する

python setup.py ビルド インストール

すべてのデフォルトを受け入れて Rtools と mingw をインストールします。Rtools で、

64ビットRをビルドするための追加

と

システム PATH を編集する

それでおしまい！！動作するようになりました..

お役に立てれば！！

Answer 5

インストール スクリプトsetup.pyは、実行時に問題が発生したことを示しています

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags

ターミナルを開き、そのコマンドを貼り付けて、エラーの内容を確認します。

出力で質問を編集したように、そのコマンドをpython setup.py install空の文字列からサブプロセスとして実行しているときに、端末からコマンドを実行すると出力が返されるという問題があるようです。また、端末からの出力から、cygwin が関与していることを読み取っています。これが問題でしょうか？

Answer 6

この問題について私が作成したこのインストール ドキュメントを確認してください。https://www.academia.edu/12178754/rpy2Install

これは ArcGIS セットアップに固有のディレクトリですが、すぐに移植できます