次のコードを取得して、knitr チャンクに変換しようとしています (Rcpp の例から借用)。
library(Rcpp)
library(inline)
openMPCode <- '
std::vector<double> x = Rcpp::as<std::vector< double > >(xs);
size_t n = x.size();
#pragma omp parallel for shared(x, n)
for (size_t i=0; i<n; i++) {
x[i] = ::log(x[i]);
}
return Rcpp::wrap(x);
'
## modify the plugin for Rcpp to support OpenMP
settings <- getPlugin("Rcpp")
settings$env$PKG_CXXFLAGS <- paste('-fopenmp', settings$env$PKG_CXXFLAGS)
settings$env$PKG_LIBS <- paste('-fopenmp -lgomp', settings$env$PKG_LIBS)
funOpenMP <- rcpp(signature(xs="numeric"), body=openMPCode, settings=settings)
基本的に、主な問題は、コードがコンパイルされたときにPKG_LIBS
とが適切に設定されるように、環境が Knitr チャンクに確実に渡されるようにすることです。チャンクがどのように見えるPKG_CXXFLAGS
かの例:knitr
```{r engine='Rcpp'}
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
NumericVector openmp_log( NumericVector x ) {
size_t n = x.size();
#pragma omp parallel for
for( size_t i=0; i < n; i++ ) {
x[i] = ::log10( x[i] );
}
return x;
}
```
私の理解が正しければ、knitr はチャンク内のすべてを使用してコンパイルし、で指定されたsourceCpp
オプションを に渡します。したがって、次の 2 つの方法が考えられます。engine.opts
sourceCpp
engine.opts=list(env=...)
適切な環境が渡されるように設定します。ただし、これを実行しようとするとエラーが発生します (複数の実引数と一致する仮引数 "env")。フック/カスタムチャンクオプションを使用して環境を設定できますが、これを正確に行う方法がわかりません。
これはknitr 1.0.11とRcpp 0.10.2です。