Xcode 4.6 を使用して、Mac OS X 10.8.2 で hello.c をコンパイルするために、xcrun で推奨されている xcrun コマンドを発行しました。
$ xcrun clang --sysroot /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.8.sdk/ -o hello hello.c
hello.c:2:10: fatal error: 'stdio.h' file not found
#include <stdio.h>
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1 error generated.
$ cat hello.c
/* C program, Hello World */
#include <stdio.h>
int main()
{
printf("Hello World \n");
}