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私はRからwinBUGSの使い方を学ぼうとしています。私は、Rの経験があります。問題なく、Rから簡単な例を実行することができました。Leuk：Survival from winBUGS examplesVolume1を実行しようとしています。これはwinBUGSGUIから問題なく実行できました。私の問題は、私ができる限り試してみることです（そして、私は何日も試し、検索してきました）R2winBUGSを使用して実行することはできません。それは単純なことだと確信しています。

スクリプトでinitsを設定しようとすると、エラーメッセージが表示されます。

Error in bugs(data = L, inits = inits, 
      parameters.to.save = params, model.file "model.txt",  : 
      Number of initialized chains (length(inits)) != n.chains

これは、一部のチェーンを初期化していないことを意味しますが、winbugsのサンプルマニュアルからinitsコードを貼り付けています。他のすべての設定は、winBUGSGUIで実行した場合と同じように見えます。

inits = NULLを試してみると、別のエラーメッセージが表示されます

    display(log)
check(C:/BUGS/model.txt)
model is syntactically correct
data(C:/BUGS/data.txt)
data loaded
compile(1)
model compiled
gen.inits()
shape parameter (r) of gamma dL0[1] too small -- cannot sample
thin.updater(1)
update(500)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
set(beta)

これは、最初の問題を解決した後もまだ問題があることを私に示しています!! winBUGSの使用をあきらめようとしています。誰かが私を救ってくれますか？私はおそらく愚かに見えるだろうと知っていますが、誰もが学ばなければなりません:-)

Windows XP2002SP3でwinBUGS1.4.3を使用しています

私のRコードは以下のとおりです。少なくともここまで読んでくれてありがとう。

   rm(list = ls())

L<-list(N = 42, T = 17, eps = 1.0E-10,
        obs.t = c(1, 1, 2, 2, 3, 4, 4, 5, 5, 8, 8, 8, 8, 11, 11, 12, 12, 15, 17, 22, 23, 6, 
        6, 6, 6, 7, 9, 10, 10, 11, 13, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 32, 32, 34, 35),
        fail = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0),
        Z = c(0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5,
               -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5, -0.5),
        t = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 11, 12, 13, 15, 16, 17, 22, 23, 35))

### 5.4. Analysis using WinBUGS
library(R2WinBUGS)      # Load the R2WinBUGS library CHOOSE to use WinBUGS
    #library(R2OpenBUGS)        # Load the R2OpenBUGS library CHOOSE to use OpenBUGS
setwd("C://BUGS") 

# Save BUGS description of the model to working directory
sink("model.txt")
cat("

model
{
# Set up data
for(i in 1:N) {
for(j in 1:T) {

# risk set = 1 if obs.t >= t
Y[i,j] <- step(obs.t[i] - t[j] + eps)
# counting process jump = 1 if obs.t in [ t[j], t[j+1] )
# i.e. if t[j] <= obs.t < t[j+1]
dN[i, j] <- Y[i, j] * step(t[j + 1] - obs.t[i] - eps) * fail[i]
}
}
# Model
for(j in 1:T) {
for(i in 1:N) {
dN[i, j] ~ dpois(Idt[i, j]) # Likelihood
Idt[i, j] <- Y[i, j] * exp(beta * Z[i]) * dL0[j] # Intensity
}
dL0[j] ~ dgamma(mu[j], c)
mu[j] <- dL0.star[j] * c # prior mean hazard
# Survivor function = exp(-Integral{l0(u)du})^exp(beta*z)
S.treat[j] <- pow(exp(-sum(dL0[1 : j])), exp(beta * -0.5));
S.placebo[j] <- pow(exp(-sum(dL0[1 : j])), exp(beta * 0.5));
}
c <- 0.001
r <- 0.1
for (j in 1 : T) {
dL0.star[j] <- r * (t[j + 1] - t[j])
}
beta ~ dnorm(0.0,0.000001)
}


",fill=TRUE)
sink()

params<- c("beta","S.placebo","S.treat")

inits<-list( beta = 0.0, 
     dL0 = c(1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,
             1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0, 1.0,1.0))

# MCMC settings
nc <-1                  # Number of chains
ni <- 1000              # Number of draws from posterior (for each chain)
ns<-1000 #Number of sims (n.sims)
nb <- floor(ni/2)                   # Number of draws to discard as burn-in
nt <- max(1, floor(nc * (ni - nb) / ns))# Thinning rate
Lout<-list()



# Start Gibbs sampler: Run model in WinBUGS and save results in object called out
out <- bugs(data = L, inits =inits, parameters.to.save = params, model.file = "model.txt", 
n.thin = nt, n.chains = nc, n.burnin = nb, n.iter = ni, debug = T, DIC = TRUE,digits=5,
codaPkg=FALSE, working.directory = getwd())

サンプルノードあたりのMCMCチェーンの数を設定するだけだと思ったnc<-2を設定すると、次のようになります。

display(log)
check(C:/BUGS/model.txt)
model is syntactically correct
data(C:/BUGS/data.txt)
data loaded
compile(2)
model compiled
inits(1,C:/BUGS/inits1.txt)
this chain contains uninitialized variables
inits(2,C:/BUGS/inits2.txt)
this chain contains uninitialized variables
gen.inits()
shape parameter (r) of gamma dL0[1] too small -- cannot sample
thin.updater(1)
update(500)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
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OK私はこれを自分で解決しました

最初に変更したのは、変数の多くが r 関数の 't' などと同じ名前を持っていることが気に入らなかったことです。そのため、すべてを一意の変数名に変更しました。

第二に、各チェーンの開始値の一意のリストを提供しませんでした

そのため、initsは次のように変更されました

inits <- function()list(list (beta1 = rnorm(1), dL0 = runif(17, 0, 1)),list (beta1 = rnorm(1), dL0 = runif(17, 0, 1)))

そして、それは今動作します。

于 2013-02-18T11:30:45.190 に答える