あなたは混乱しています - そのセクションは automake 自体のオプションについて言及しています。
これは、automake コマンドライン オプションを設定する方法です。
-W CATEGORY --warnings=category カテゴリに該当する警告を出力します。カテゴリは次のいずれかです。
gnu
warnings related to the GNU Coding Standards (see Top).
obsolete
obsolete features or constructions
override
user redefinitions of Automake rules or variables
portability
portability issues (e.g., use of make features that are known to be not portable)
syntax
weird syntax, unused variables, typos
unsupported
unsupported or incomplete features
all
all the warnings
none
turn off all the warnings
error
treat warnings as errors
名前の前に「no-」を付けることで、カテゴリを無効にすることができます。たとえば、 -Wno-syntax は、未使用の変数に関する警告を非表示にします。
デフォルトで出力されるカテゴリは、「構文」と「サポートされていない」です。さらに、'gnu' と '移植性' は --gnu と --gnits の厳密性で有効になります。
環境変数 WARNINGS には、有効にするカテゴリのカンマ区切りリストを含めることができます。コマンドラインが切り替わる前に考慮されます。このように、-Wnone は WARNINGS によって有効化された警告カテゴリも無視します。この変数は、autoconf などの他のツールでも使用されます。このため、不明なカテゴリは無視されます。
セクション 17 にリストされているファイルごとは、ソース ファイルではなく Makefile ごとを指します。
ソースファイルごとのフラグ設定については知りませんが、各結果バイナリのオプションを次のように設定できます。
binaryname_CXXFLAGS