MSDN の Application Settings Architectureから:
アプリケーション スコープの設定は、machine.config ファイルまたは app.exe.config ファイルに格納できます。Machine.config は常に読み取り専用ですが、app.exe.config はセキュリティ上の考慮事項により、ほとんどのアプリケーションで読み取り専用に制限されています。
ユーザー スコープの設定は、app.exe.config ファイルに格納できます。この場合、設定は静的な既定値として扱われます。
デフォルト以外のユーザー スコープ設定は、新しいファイル user.config に保存されます。user は、現在アプリケーションを実行しているユーザーのユーザー名です。DefaultSettingValueAttribute を使用して、ユーザー スコープの設定の既定値を指定できます。アプリケーションの実行中にユーザー スコープの設定が変更されることが多いため、user.config は常に読み取り/書き込み可能です。
あなたが最初に見ているのは、(あなたが呼んだもの)「組み込み設定」が(Microsoftが呼んでいるもの)「静的デフォルト」ユーザースコープ設定として保存され、app.exeに保存されます(2に従って)。
そして、実行時に設定を書き戻すと、それらは「デフォルト以外の」ユーザースコープの設定として扱われ、user.config に書き込まれます (3 に従って)。 .config ファイルが作成されました。
つまり、ユーザー スコープの設定が全員で同じ (デフォルト) である限り、ユーザーごとの user.config ファイルは必要ありません。