これが最適な命名スキームではない可能性があることは理解していますが、サーバー上にwebというフォルダーがあり、.htaccessファイルでそのフォルダーを無視するように書き換えたいと思います。残りはcodeigniterにリダイレクトされており、リダイレクトする必要のある/ websiteがありますが、以下のような例外を入力すると、webと/websiteが無視されます。
RewriteCond $1 !^(index\.php|files|web|image)
おそらく、質問をより一般化して複数回使用できるようにするためのより良い方法があると思いますが、方法はわかりません。