python-2.7 - matplotlib または graphviz を使用して networkx でマルチグラフを描画する方法

Question

multigraph numpy adjacency matrix を networkx に渡し (from_numpy_matrix 関数を使用)、matplotlib を使用してグラフを描画しようとすると、複数のエッジが無視されます。

複数のエッジも描画するにはどうすればよいですか?

Answer 1

Graphviz は、平行なエッジを適切に描画します。ドットファイルを書き込んでからGraphvizで処理することで、NetworkXでそれを使用できます（たとえば、以下のneatoレイアウト）。NetworkX に加えて pydot または pygraphviz が必要です

In [1]: import networkx as nx

In [2]: G=nx.MultiGraph()

In [3]: G.add_edge(1,2)

In [4]: G.add_edge(1,2)

In [5]: nx.write_dot(G,'multi.dot')

In [6]: !neato -T png multi.dot > multi.png

NetworkX 1.11 以降では、networkx github の問題nx.write_dotに従って機能しません。回避策は、を使用して呼び出すことですwrite_dot

from networkx.drawing.nx_pydot import write_dot

また

from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot

Answer 2

計算したノード位置を使用して、matplotlib を直接使用できます。

G=nx.MultiGraph ([(1,2),(1,2),(1,2),(3,1),(3,2)])
pos = nx.random_layout(G)
nx.draw_networkx_nodes(G, pos, node_color = 'r', node_size = 100, alpha = 1)
ax = plt.gca()
for e in G.edges:
    ax.annotate("",
                xy=pos[e[0]], xycoords='data',
                xytext=pos[e[1]], textcoords='data',
                arrowprops=dict(arrowstyle="->", color="0.5",
                                shrinkA=5, shrinkB=5,
                                patchA=None, patchB=None,
                                connectionstyle="arc3,rad=rrr".replace('rrr',str(0.3*e[2])
                                ),
                                ),
                )
plt.axis('off')
plt.show()