0

2 つのシーケンス ファイルを結合したので、2 つのシーケンスを持つ 1 つのファイルがあります。これらの 2 つのシーケンスを @char 配列に分割しました。これは、後で文字ごとに比較する必要があるためです。ただし、シーケンスの 1 つは 2 行にあります。結合機能を使って2行を結合したいのですが、方法がわかりません。

元：

シーケンス 1

ACGTATATATTATATCTGGCGCTATCGATGCTATCGAT
CGATGCGCG

シーケンス 2

AGTGAGCGTAGCTAGCGGCGCGATCTAGCTA

これまでの私のコード

#!usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

# open file 1
open (my $seq1, "<", "file1.fa") or die $!;
# open file 2
open (my $seq2, "<", "file2.fa") or die $!;
# open combined file
open (my $combined, ">", "combined.txt") or die $!;

# read file 1, skip header line, write to combined file
while (my $line = <$seq1>) {
        if($line =~ />/) {
                next;
}

        else {
        print $combined "$line\n";
}
}
# read file 2, skip header line, write to combined file on new line
while (my $line2 = <$seq2>) {
        if ($line2 =~ />/) {
                next;
}
        else {
        print $combined "$line2\n";
}
}
# need to open combined file for reading
open (my $combined2, "<", "combined.txt") or die $!;
# read through combined file line by line
while (my $seqs = <$combined2>) {
        chomp($seqs);
# split sequences into characters
        my @chars = split(//, $seqs);
# the sequence from file1 is on 2 separate lines. Need to join these
# lines together
4

2 に答える 2

4

複数行にあるシーケンスを処理できるため、Bio::SeqIOを使用してfastaファイルを読み取ることを検討してください。

use strict;
use warnings;
use Bio::SeqIO;

my $in = Bio::SeqIO->new( -file => "file1.fa", '-format' => 'Fasta' );

while ( my $seq = $in->next_seq ) {
    my $sequence = $seq->seq;
    print $sequence, "\n";
}

内容file1.fa：

>seq0
FQTWEEFSRAAEKLYLADPMKVRVVLKYRHVDGNLCIKVTDDLVCLVYRTDQAQDVKKIEKF
>seq1
KYRTWEEFTRAAEKLYQADPMKVRVVLKYRHCDGNLCIKVTDDVVCLLYRTDQAQDVKKIEKFHSQLMRLME
LKVTDNKECLKFKTDQAQEAKKMEKLNNIFFTLM
>seq2
EEYQTWEEFARAAEKLYLTDPMKVRVVLKYRHCDGNLCMKVTDDAVCLQYKTDQAQDVKKVEKLHGK
>seq3
MYQVWEEFSRAVEKLYLTDPMKVRVVLKYRHCDGNLCIKVTDNSVCLQYKTDQAQDVK

出力：

FQTWEEFSRAAEKLYLADPMKVRVVLKYRHVDGNLCIKVTDDLVCLVYRTDQAQDVKKIEKF
KYRTWEEFTRAAEKLYQADPMKVRVVLKYRHCDGNLCIKVTDDVVCLLYRTDQAQDVKKIEKFHSQLMRLMELKVTDNKECLKFKTDQAQEAKKMEKLNNIFFTLM
EEYQTWEEFARAAEKLYLTDPMKVRVVLKYRHCDGNLCMKVTDDAVCLQYKTDQAQDVKKVEKLHGK
MYQVWEEFSRAVEKLYLTDPMKVRVVLKYRHCDGNLCIKVTDNSVCLQYKTDQAQDVK
于 2013-02-19T07:01:25.287 に答える
0

シーケンスが ">" 記号で区切られていると想定しているため、if($_ =~ />/) をスキッパーとして使用しています。そうでない場合は、コメントを返してください。コードを変更します。ここで、次のことを試してください。

open (fil1, "<", "file1.fa") or die $!;
# open file 2
open (fil2, "<", "file2.fa") or die $!;
# open combined file
open (combined, ">", "combined.txt") or die $!;

# read file 1, skip header line, write to combined file
while (<fil1>) {
        if($_ =~ />/) {
                print $combined "\n";
}

        else {
        print $combined "$line";
}
}
# read file 2, skip header line, write to combined file on new line
while (<fil2>) {
        if ($_ =~ />/) {
                print $combined "\n";
}
        else {
        print $combined "$line2";
}
}

異なる行にシーケンスがある場合は、combined.txt を確認してください。

于 2013-09-18T11:41:58.917 に答える