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私が書いた.cファイルを使用するCythonモジュールを作成しようとしています。その .c ファイルには、特別なリンク オプションが必要です (コンパイルするには、.c ファイルが必要ですgcc -o mycode mycode.c -lfftw3f)。Cython で .c ファイルを書き直すこともできますが、その方法を知りたいです。

私は fftw3 を使用しています。コンパイル時に、float バージョンを使用する場合は、.c ファイルで-lfftw3fIN ADDITION オプションを使用する必要があります。#include <fftw3.h>

私setup.pyは次のように見えます：

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

sourcefiles = ['mycode_caller.pyx', 'mycode.c']

ext_modules = [Extension("myext", sourcefiles, libraries=['fttw3f'])]

setup(
  name = 'My Extension',
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  ext_modules = ext_modules
)

次のようなというヘッダー ファイルを作成しました。このファイルには、 で定義されている関数mycode.hのプロトタイプが含まれています。transform()mycode.c

#include <fftw3.h>
#include <math.h>

#ifndef FOURIER_H_INCLUDED
#define FOURIER_H_INCLUDED
fftwf_complex** transform(float** in, int length);
#endif

私のCythonファイルはmycode_caller.pyx次のようになります。

import numpy as np
cimport numpy as np

cdef extern from "stdlib.h":
    void free(void* ptr)
    void* malloc(size_t size)

cdef extern from "fftw3.h":
    struct fftwf_complex:
        pass

cdef extern from "fourier.h":
    fftwf_complex** transform(float** in_arr, int length)

cdef float** npy2c_float2d(np.ndarray[float, ndim=2] a):
    cdef float** a_c = <float**>malloc(a.shape[0] * sizeof(float*))
    for k in range(a.shape[0]):
        a_c[k] = &a[k, 0]
    return a_c

cpdef test_transform(data):
    nparr = np.zeros([14, 31])
    c_array = npy2c_float2d(nparr)
    ans = transform(c_array, 31)

を実行するpython setup.py build_ext --inplaceと正常にビルドされますが、インポートしようとすると、次のように要求されます。

ImportError: ./myext.so: undefined symbol: fftwf_execute

このエラーは、-lfftw3fコンパイル中にオプションが gcc に渡されなかったために発生します。これを解決するにはどうすればよいですか? .c ソース ファイルでリンカー コマンドを指定する方法はありませんよね? Cython.Distutils にこのオプションを使用するように指示する必要がありますか? ご協力ありがとうございました！

編集:だから、私libraries=[fttw3f]は自分のsetup.pyファイルに追加しましたが、ビルド時にエラーがスローされます:

gcc -pthread -shared -Wl,-O1 -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro build/temp.linux-x86_64-2.7/emodsp.o build/temp.linux-x86_64-2.7/fourier.o -lfftw3f -o /home/carson/Documents/Caltech/Senior/Winter/art89/Project/openepoc/emodsp.so
/usr/bin/ld: /usr/local/lib/libfftw3f.a(alloc.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.1' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/usr/local/lib/libfftw3f.a: could not read symbols: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status
error: command 'gcc' failed with exit status 1
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librariesオプションを使用してExtension：

Extension("myext", sourcefiles, libraries = ['fftw3f'], library_dirs = ['/path/to/fftw/libs'])
于 2013-02-19T07:19:30.240 に答える