select ステートメントを使用してこのクエリを実行しているため、何も返されません。
$this->db->select('emp_edu.qual_id','qual_title','pass_year','institute','percentage');
$this->db->from('emp_edu');
$this->db->join('qualification_mas', 'emp_edu.qual_id = qualification_mas.qual_id', 'INNER');
$this->db->where('emp_edu.emp_id', $empID);
$this->db->where('emp_edu.del_flag', 0);
$this->db->where('qualification_mas.del_flag', 0);
$query = $this->db->get();
return $query->result();