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文字列から括弧とその内容を削除するコードを書いていますが、この行は正しく機能していません。
line.replaceAll("\\Q"+matchp+"\\E", rep);
これにより、見つかったすべてのグループが置き換えられます。たとえば、「(group)more words」と正規表現が「(group)」に一致すると、文字列はrep +"morewords"になります。ただし、文字列は影響を受けません。引用は壊れていますか?
replaceAllインプレースではありませんそのようにしてください:
replaceAll
line = line.replaceAll("\\Q"+matchp+"\\E", rep);