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1 つの番号のみが異なる複数のファイルのペアがあります。

121_S11_L001_R1_001

121_S11_L001_R2_001

および他のファイルに関連する別のペアは、複数の数が異なりますが、そのペアに関連して、ここでも1つの数のみが異なります。

120_S10_L001_R1_001

120_S10_L001_R2_001

これらのファイルを個別に処理するための bash スクリプトがあります。

if [ -s $infile ] && [ ! -s $infile.bwa ]; それから

echo "Creating BWA file..."
time bwa aln $path"Genomeidx" $infile > $infile.bwa
time bwa aln $path"Genomeidx" $infile2 > $infile2.bwa

'infile' と 'infile2' は、コマンド ラインで指定されたファイルです。

各ペアを手動で入力する代わりに、各ペアの各ファイルを再帰的に選択して処理するにはどうすればよいですか?

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bash グロビングを使用してすべての_R1_スタイル ファイルを選択し、そのペアを見つけることができます。

このようなものは、処理を行うために適応させることができます:

#!/bin/bash

for file in *_R1_*; do
    pair=${file/_R1_/_R2_}
    if [ -f "$pair" ]; then
        echo "processing $file and its pair $pair"
    fi
done
于 2013-02-20T04:53:34.410 に答える