バッチでのファイルとフォルダの名前の変更はよく聞かれる質問ですが、いくつかの検索の後、私のものに似ているものはないと思います。
背景：いくつかの生物学的サンプルをサービスプロバイダーに送信します。サービスプロバイダーは、一意の名前のファイルと、ファイル名とその元のサンプルを含むテキスト形式のテーブルを返します。
head samples.txt
fq_file Sample_ID Sample_name Library_ID FC_Number Track_Lanes_Pos
L2369_Track-3885_R1.fastq.gz S1746_B_7_t B 7 t L2369_B_7_t 163 6
L2349_Track-3865_R1.fastq.gz S1726_A_3_t A 3 t L2349_A_3_t 163 5
L2354_Track-3870_R1.fastq.gz S1731_A_GFP_c A GFP c L2354_A_GFP_c 163 5
L2377_Track-3893_R1.fastq.gz S1754_B_7_c B 7 c L2377_B_7_c 163 7
L2362_Track-3878_R1.fastq.gz S1739_B_GFP_t B GFP t L2362_B_GFP_t 163 6
ディレクトリ構造（34ディレクトリの場合）：
L2369_Track-3885_
accepted_hits.bam
deletions.bed
junctions.bed
logs
accepted_hits.bam.bai
insertions.bed
left_kept_reads.info
L2349_Track-3865_
accepted_hits.bam
deletions.bed
junctions.bed
logs
accepted_hits.bam.bai
insertions.bed
left_kept_reads.info
目標：ファイル名は無意味で解釈が難しいため、.bamで終わるファイル（接尾辞を保持）と対応するサンプル名のフォルダーの名前を、より適切な方法で並べ替えたいと思います。結果は次のようになります。
7_t_B
7_t_B..bam
deletions.bed
junctions.bed
logs
7_t_B.bam.bai
insertions.bed
left_kept_reads.info
3_t_A
3_t_A.bam
deletions.bed
junctions.bed
logs
accepted_hits.bam.bai
insertions.bed
left_kept_reads.info
私はbashとpython（初心者）を使ってソリューションをハックしましたが、それは過剰に設計されているように感じます。問題は、私が見逃していた、よりシンプルでエレガントな方法があるかどうかです。ソリューションはpython、bashである可能性があり、Rも、私がそれを学ぼうとしているのでawkである可能性があります。比較的初心者であることは、物事を複雑にします。
これが私の解決策です：
ラッパーはそれをすべて配置し、ワークフローのアイデアを提供します。
#! /bin/bash
# select columns of interest and write them to a file - basenames
tail -n +2 samples.txt | cut -d$'\t' -f1,3 >> BAMfilames.txt
# call my little python script that creates a new .sh with the renaming commmands
./renameBamFiles.py
# finally do the renaming
./renameBam.sh
# and the folders to
./renameBamFolder.sh
renameBamFiles.py：
#! /usr/bin/env python
import re
# Read in the data sample file and create a bash file that will remane the tophat output
# the reanaming will be as follows:
# mv L2377_Track-3893_R1_ L2377_Track-3893_R1_SRSF7_cyto_B
#
# Set the input file name
# (The program must be run from within the directory
# that contains this data file)
InFileName = 'BAMfilames.txt'
### Rename BAM files
# Open the input file for reading
InFile = open(InFileName, 'r')
# Open the output file for writing
OutFileName= 'renameBam.sh'
OutFile=open(OutFileName,'a') # You can append instead with 'a'
OutFile.write("#! /bin/bash"+"\n")
OutFile.write(" "+"\n")
# Loop through each line in the file
for Line in InFile:
## Remove the line ending characters
Line=Line.strip('\n')
## Separate the line into a list of its tab-delimited components
ElementList=Line.split('\t')
# separate the folder string from the experimental name
fileroot=ElementList[1]
fileroot=fileroot.split()
# create variable names using regex
folderName=re.sub(r'^(.*)(\_)(\w+).*', r'\1\2\3\2', ElementList[0])
folderName=folderName.strip('\n')
fileName = "%s_%s_%s" % (fileroot[1], fileroot[2], fileroot[0])
command= "for file in %s/accepted_hits.*; do mv $file ${file/accepted_hits/%s}; done" % (folderName, fileName)
print command
OutFile.write(command+"\n")
# After the loop is completed, close the files
InFile.close()
OutFile.close()
### Rename folders
# Open the input file for reading
InFile = open(InFileName, 'r')
# Open the output file for writing
OutFileName= 'renameBamFolder.sh'
OutFile=open(OutFileName,'w')
OutFile.write("#! /bin/bash"+"\n")
OutFile.write(" "+"\n")
# Loop through each line in the file
for Line in InFile:
## Remove the line ending characters
Line=Line.strip('\n')
## Separate the line into a list of its tab-delimited components
ElementList=Line.split('\t')
# separate the folder string from the experimental name
fileroot=ElementList[1]
fileroot=fileroot.split()
# create variable names using regex
folderName=re.sub(r'^(.*)(\_)(\w+).*', r'\1\2\3\2', ElementList[0])
folderName=folderName.strip('\n')
fileName = "%s_%s_%s" % (fileroot[1], fileroot[2], fileroot[0])
command= "mv %s %s" % (folderName, fileName)
print command
OutFile.write(command+"\n")
# After the loop is completed, close the files
InFile.close()
OutFile.close()
RenameBam.sh-前のPythonスクリプトによって作成されました：
#! /bin/bash
for file in L2369_Track-3885_R1_/accepted_hits.*; do mv $file ${file/accepted_hits/7_t_B}; done
for file in L2349_Track-3865_R1_/accepted_hits.*; do mv $file ${file/accepted_hits/3_t_A}; done
for file in L2354_Track-3870_R1_/accepted_hits.*; do mv $file ${file/accepted_hits/GFP_c_A}; done
(..)
名前の変更renameBamFolder.shは非常に似ています：
mv L2369_Track-3885_R1_ 7_t_B
mv L2349_Track-3865_R1_ 3_t_A
mv L2354_Track-3870_R1_ GFP_c_A
mv L2377_Track-3893_R1_ 7_c_B
私は学んでいるので、これを行うさまざまな方法のいくつかの例と、それを行う方法を考えることは非常に役立つと思います。