シェルスクリプトをパッケージ化する方法はないと思います。
私のプロジェクトの1つでは、Pythonスクリプトではなく、シェルスクリプトのみを除外する別のツールに、サブプロセスを介して引数として渡すシェルスクリプトが特に必要でした。
そこで、Pythonにmyscript.shをその場で書き出させることで、ようやくハッキングしました。
次のようになります。
bash_script_name = cwd + "/myscript.sh"
bash_script_file_obj = open(bash_script_name, 'w')
bash_script_file_obj.write(text_of_myscript)
bash_script_file_obj.close()
os.chmod(bash_script_name, 0755)
subprocess.call([another_tool, bash_script_name])
os.remove(bash_script_name)
あまりエレガントではありませんが、うまくいきました。Pythonでスクリプトを書くという選択肢があれば、私は間違いなくそれに賛成です。