私は現在、ゲノムファイルから通常サイズの配列を抽出しているバイオインフォマティシャンです。一部のゲノム ファイルは十分に大きいため、メインの git リポジトリに入れたくありませんが、抽出したシーケンスを git に入れています。
gitに「これは大きなファイルです。ファイル全体を保存しないでください。チェックサムを取得して、そのファイルが見つからないか変更されているかどうかを知らせてください。」
それが不可能な場合は、大きなファイルを git-ignore するか、この質問で提案されているように、それらをサブモジュールに保存する必要があると思います。