テーブルビューにheaderViewを追加し、その高さを次のように設定してみました（ここに3つのセルがあるとします）
(self.tableView.bounds.size.height - self.tableView.rowHeight*3 - self.tableView.sectionHeaderHeight - self.tableView.sectionFooterHeight)/2;
中央に配置されているように見えますが、実際には位置合わせが5ピクセルずれています。
ストーリーボードを使用したいのですが、iOS 6でのみ機能するため、コンテナービューは使用しません。少なくともiOS5.1で機能させたいです。