Mac(v0.97.316)およびknitr(v1.1)のRStudioで完全に問題なくpdfにコンパイルされるknitrベースのRnwファイルがありますが、Windows環境(同じバージョン)ではコンパイルエラーが発生します。両方の環境で RStudio のオプションを確認しましたが、一貫しています。
Rnwファイルにそのようなフラグがない場合でも、Windowsセットアップが常に「\ SweaveOpts {concordance = TRUE}」を「.tex」ファイルに挿入しているようです。および/または設定で設定を切り替えた場合、および/または「opts_knit$set(concordance=FALSE)」オプションをknitr設定チャンクに追加した場合。「.tex」ファイルから行を削除し、cmd プロンプトで手動でコンパイルすると、期待どおりに出力が生成されます。
これが RStudio の問題なのか、knitr の問題なのかはわかりませんが、ご指摘いただければ幸いです。
この質問は RStudio サポート ボード ( http://support.rstudio.org/help/discussions/problems/5039-knitr-compile-problems-with-rstudio-windows?unresolve=true ) にも投稿したことに注意してください。