CCI では、ファイルから .NET アセンブリをロードできます。
var assembly = (IAssembly) new PeReader.DefaultHost().LoadUnitFrom("C:\assembly.dll");
しかし、ストリームからロードする方法が見つかりません。ストリームへのアセンブリを簡単に記述できるため、可能であると思います。
PeWriter.WritePeToStream(assembly , _host, stream);
PeReader には BinaryDocument パラメータを取る OpenModule メソッドがあります。ただし、ファイルではなくストリームから BinaryDocument を作成する方法はありません。
実際、CCI を使用してアセンブリを読み取る方法に興味がありますが、低速のファイル I/O は使用しません。