HDD上のスペースを必要とするのは、ソートなどを行うために割り当てられた一時テーブルの最大サイズだと思います。他の場合にも同じことが現れるので
mysql> show global variables like '%tmp%';
+----------------+-----------------------+
| Variable_name | Value |
+----------------+-----------------------+
| bdb_tmpdir | /usr/local/mysql/tmp/ |
| max_tmp_tables | 32 |
| tmp_table_size | 8388608 |
| tmpdir | /usr/local/mysql/tmp |
+----------------+-----------------------+
mysql> show global variables like '%myisam%';
+---------------------------------+---------------+
| Variable_name | Value |
+---------------------------------+---------------+
| myisam_data_pointer_size | 4 |
| myisam_max_extra_sort_file_size | 2147483648 |
| myisam_max_sort_file_size | 2147483647 |
| myisam_recover_options | OFF |
| myisam_repair_threads | 1 |
| myisam_sort_buffer_size | 4194304 |
| myisam_stats_method | nulls_unequal |
+---------------------------------+---------------