開発中の拡張機能のアイコンを右クリックして [Inspect Popup] をクリックすると (またはアイコンをクリックして [Inspect Element] を選択すると)、[Sources] タブの下を見ると、.js ファイルがどこにも表示されません。 - apitest、devtools、json_schema などの検査可能なファイルの長いリストのみ。ただし、.html ファイル内のリンクをたどって [要素] タブからコードを見つけることはできますが、どこにも表示されません。実際にデバッグできます。
Google のチュートリアルで提供されている「Hello, world」拡張機能も読み込んでいます。これを調べると、その .js ファイルがすぐそこにあります。これを引き起こすために、チュートリアルの例とは異なる方法で何をしたか想像できません。
Linux VM で実行される Chrome バージョン 22.0.1229.94 です。他に提供すべき情報がある場合は、お知らせください。