正確に何が起こったのかはわかりませんが、ある時点でこれが機能していたことは確かです。
イベントが発生していない (または、適切にキャッチしていない)
var $zoomBox = $('#zoomBox');
$zoomBox.bind('webkitTransitionEnd', function(e) {
alert("test");
});
$('.button').click(function (e) {
$zoomBox.css('-webkit-transform', 'matrix(2,1,1,2,300, 100)');
});
以下のフィドルを参照してください。ボックスの遷移が完了すると、アラートがポップアップするはずですが、アラートは表示されません。