1

データフレームから時系列を次の形式でプロットしようとしています。

Gene    t1  t2  t3      t4  t5
geneA   0.171708555542224   0.767412947810676   0.754849467082325   0.893904836629662   -0.451533145139049
geneB   0.32989453548287    0.304464261184109   0.632407796520215   1.2965570364275 -0.00269630000204213
geneC   1.47092503615513    0.708756145675017   1.27888805232732    1.45653164709635    0.913461102204938
geneD   0.379307974619187   0.577591822285932   -0.203915993729493  0.0743865362148819  0.561894770555292
geneE   -0.162029544343246  0.332622377925421   1.18614452957358    1.87262670303989    0.100212594882377
CG10170-RA  -0.152808420012908  -0.294930227688068  0.935190065253332   1.98475948430149    0.282560916666689

遺伝子（行）ごとに、5つの異なる時点（列）での発現値を表す線が必要です。

それはかなり些細なことですが、私は今のところ方法を見つけることができませんでした...これを行う最も簡単な方法は何ですか？

ありがとう、

4

1 に答える 1

3

DFデータフレームが最初に、各列が時系列であるより標準的な形式になっていると仮定します。次に、以下を使用しますmatplot。

m <- setNames(t(DF[-1]), DF[[1]])
n <- nrow(m)
matplot(1:n, m)

または、zooを使用して、クラシックグラフィック、ラティスグラフィック、またはggplot2グラフィックを使用して、それぞれに1つまたは複数のパネルを使用してプロットできます。

library(zoo)

z <- zoo(m)

# classic graphics
plot(z) # multiple panels
plot(z, screens = 1, col = 1:n) # one panel

library(lattice)
xyplot(z)
xyplot(z, screens = 1, col = 1:n)

library(ggplot2)
autoplot(z)
autoplot(z, facets = NULL) + aes(linetype = NULL)
于 2013-02-27T14:04:59.687 に答える