複数の1対多の関係が交差結合を引き起こしているため、サブクエリでカウントを行うか、個別にカウントする必要があります。あなたのデータはわかりませんが、次のシナリオを想像してください。
ユーザー:
User_ID |   Source_ID
--------+--------------
  1     |      1  
ホワイト_ルール
Victim_ID | Rule_ID
----------+-------------
   1      |    1
   1      |    2
Black_Rules
Victim_ID | Rule_ID
----------+-------------
   1      |    3
   1      |    4
あなたが実行する場合
SELECT  Users.User_ID, 
        Users.Source_ID, 
        White_Rules.Rule_ID AS WhiteRuleID, 
        Black_Rules.Rule_ID AS BlackRuleID
FROM    Users
        LEFT JOIN White_Rules
            ON White_Rules.Victim_ID = Users.User_ID
        LEFT JOIN Black_Rules
            ON Black_Rules.Victim_ID = Users.User_ID
と のすべての組み合わせを取得しWhite_Rules.Rule_IDますBlack_Rules.Rule_ID。
User_ID | Source_ID | WhiteRuleID | BlackRuleID
--------+-----------+-------------+-------------
  1     |    1      |      1      |      3
  1     |    1      |      2      |      4
  1     |    1      |      1      |      3
  1     |    1      |      2      |      4
したがって、結果を数えると、それぞれ 2 つしかないにもかかわらず、4 つの白のルールと 4 つの黒のルールが返されます。
クエリを次のように変更すると、必要な結果が得られるはずです。
SELECT  Users.Source_ID,
        SUM(COALESCE(w.TotalWhite, 0)) AS TotalWhite,
        SUM(COALESCE(b.TotalBlack, 0)) AS TotalBlack,
        SUM(COALESCE(g.TotalGeneral, 0)) AS TotalGeneral
FROM    Users
        LEFT JOIN
        (   SELECT  Victim_ID, COUNT(*) AS TotalWhite
            FROM    White_Rules
            GROUP BY Victim_ID
        ) w
            ON w.Victim_ID = Users.User_ID
        LEFT JOIN
        (   SELECT  Victim_ID, COUNT(*) AS TotalBlack
            FROM    Black_Rules
            GROUP BY Victim_ID
        ) b
            ON b.Victim_ID = Users.User_ID
        LEFT JOIN
        (   SELECT  Victim_ID, COUNT(*) AS TotalGeneral
            FROM    General_Rules
            GROUP BY Victim_ID
        ) g
            ON g.Victim_ID = Users.User_ID
WHERE   Deleted = 'f'
AND     Source IS NOT NULL
GROUP BY Users.Source_ID
SQL Fiddle の例
別の方法は次のとおりです。
SELECT  Users.Source_ID,
        COUNT(Rules.TotalWhite) AS TotalWhite,
        COUNT(Rules.TotalBlack) AS TotalBlack,
        COUNT(Rules.TotalGeneral) AS TotalGeneral
FROM    Users
        LEFT JOIN
        (   SELECT  Victim_ID, 1 AS TotalWhite, NULL AS TotalBlack, NULL AS TotalGeneral
            FROM    White_Rules
            UNION ALL
            SELECT  Victim_ID, NULL AS TotalWhite, 1 AS TotalBlack, NULL AS TotalGeneral
            FROM    Black_Rules
            UNION ALL
            SELECT  Victim_ID, NULL AS TotalWhite, NULL AS TotalBlack, 1 AS TotalGeneral
            FROM    General_Rules
        ) Rules
            ON Rules.Victim_ID = Users.User_ID
WHERE   Deleted = 'f'
AND     Source IS NOT NULL
GROUP BY Users.Source_ID
SQL Fiddle の例