スペースが含まれる場合と含まれない場合がある複数の引数を使用してexeを実行しています。私はそれらを引用符で囲みますが、どういうわけかそれらは正しくexeに渡されません。
これが私が使用しているコマンドです：
makeblastdb -in "D:\d b\sequence.fasta" -input_type fasta -dbtype prot -title xd -out "D:\d b\xd"
cmdはexeに10個の引数を渡す必要があると思いますが、どういうわけか正しく渡されていません。
これは私が得た結果です
BLAST options error: File "D:\d" does not exist.
これは基本的に、2番目の引数が何らかの理由で切り刻まれていると言っていますか？
どんな助けでもありがたいです、ありがとう！
質問に対するコメントに基づいて、BLASTユーティリティはスペースを含む引用符で囲まれたパスを適切に処理せず、ボリュームは短いファイル名をサポートしていません。
もちろん、スペースを含まないパスに作業ディレクトリを移動できます。
別の方法は、SUBSTを使用して、問題のあるパスを指す仮想ドライブを一時的に作成することです。
subst K: "d:\d b"
makeblastdb -in "K:\sequence.fasta" -input_type fasta -dbtype prot -title xd -out "K:\xd"
subst /d K:
コマンドsubst /?のヘルプを入力します。
Python内からコマンドを実行しているという事実に基づいて更新します
この回答へのコメントでは、Python内からコマンドを機能させることを試みると述べています。それがあなたの問題の全体の原因である可能性があります。
質問のコマンドは、Windowsコマンドプロンプト（cmd.exeコンソール）から直接実行してみてください。
コマンドがコマンドプロンプトから機能しない場合、問題は確かにBLASTユーティリティにあり、SUBSTが適切な解決策です。
コマンドがコマンドプロンプトから機能する場合、問題はPythonからコマンドをシェルアウトする方法にあり、SUBSTコマンドは必要ありません。
私はPythonユーザーではありませんが、WindowsでPythonを使用すると、多くの人が同様の問題を抱えているようです。おそらくこれは役立つでしょう：Pythonからプログラムを実行するにはどうすればよいですか？パス内のスペースが原因でos.systemが失敗する
makeblastdb には奇妙なエスケープ規則があります。これを試して：
-in \""D:\d b\sequence.fasta"\"
残念ながら、これは -out では機能しないため、dbenham の回答がおそらく最適です。
別の方法として、DドライブでコマンドをD:\d b実行することで見つけることができる""のディレクトリ短縮名を使用してみることができます。dir /Xたとえば、Cドライブでdir / Xを実行すると、次のようになります。
01/21/2013 09:47 AM <DIR> PROGRA~1 Program Files
したがって、使用したい場合は、C:\Program Files代わりにを使用できますC:\PROGRA~1。