カスタムXSLTパスファイルを使用するマップがBizTalk2010にあります。
Visual Studioの.xslファイルの変換に変更を加えたら、組み込みのツールを使用してマップファイルをテストします（.btmファイルを右クリックして[マップのテスト]を選択します）。
これはすべて期待どおりに機能し、VisualStudioで必要な出力ファイルを生成します。
ただし、アセンブリをBizTalkに展開すると、変換の変更が反映されていないことがわかります。ホストインスタンスを再起動したり、アクティブなインスタンスを終了したりしても、問題は解決しません。
変更がBizTalkに反映されないのはなぜですか？
これはVisualStudioの煩わしさであることに同意しました。
私にとって最も効果的なのは、マッププロジェクトで「すべてのファイルを表示」してファイルが表示されるようにしてから、変更されたマップに関連付けられて.btm.csいるファイルを削除することです。.btm.cs再構築すると、VSは.btm.csファイルを再生成し、新しいxsltをプルスルーします。
BizTalkマップファイル自体（.btm）がコンパイルされます。変換を変更すると、実際には.xslファイルのみが編集されるため、VisualStudioはアセンブリを再コンパイルする必要があることを認識しません。
この問題を解決するには、.btmファイルも編集されていることを確認する必要があります。これにより、ロット全体が強制的に再コンパイルされます。
BizTalk 2009では、.btmファイルを開き、Ctrl+Sを押してマップを保存するだけで、ファイルの基になるXMLのタイムスタンプが更新されるため、うまくいくように見えました。
ただし、BizTalk 2010では、タイムスタンプが存在しなくなったため、これは機能していないようです。このブログのコメントで示唆されているように、再コンパイルを強制する最も簡単な方法は、カスタム.xslファイルへの参照を削除してから再度追加することです。
再構築を実行することでうまくいくという提案もありますが、私は個人的にその方法で成功していません。
BizTalk 2010では、マップの[プロパティ]ウィンドウの[カスタムXSLTパス]で使用するXSLTへのパスを簡単に再貼り付けることができます。以前と同じファイルを使用している場合でも、これはタッチとしてカウントされるようです。