見た目からすると、アプリがUIRemoteNotificationTypeNewsstandContentAvailabilityに登録されている場合、プッシュペイロードにゼロ以外のバッジ値が含まれていても、iOSはアプリのバッジアイコンを更新しません。これは、新聞売店のプッシュに登録するアプリで予想される動作ですか？これをサポートするAppleのドキュメントが見つからないので、他の人もこれを見たことがあるかどうか興味がありました。
受け入れられたリモート通知のリストからUIRemoteNotificationTypeNewsstandContentAvailabilityを削除すると、バッジの設定は正常に機能します。