私はCMakeを使用していますが、私のマシンの1つでは、世代が乱雑に見えます。Visual Studio 2010でプロジェクトのプロパティを開くと、デバッグ構成がリリースのもののように見えます。_DEBUG定義されていない、最適化が有効になっている、リンクされたランタイムがリリースのものである（/MTではない/MTd）など...
問題は、CMakeを使用してコンパイルされたdllに応じて、プロジェクトの正しいビルドが妨げられることです。たとえば、dllの一部がデバッグビルドにのみ存在する場合などです。私はCMake2.8.10.2を使用しています。