次のフィドルを参照してください: http://jsfiddle.net/VkKX2/138/ (必ずコンソールを開いてください)
TL;DR; 2 つの hasMany コレクションがあり、新しいモデルを一方のコレクションに追加すると、もう一方のコレクションにも追加されます。
SO にはコードが必要なので、非常に大まかな概要を以下に示します。
var foo = App.FooModel.find(101);
var bar = App.BarModel.find(204);
foo.get('collection2').addObject( bar );
foo.get('collection1').contains( bar ); // yields true
質問:オブジェクトが両方のコレクションに追加されるのはなぜですか!?