11

dcast（reshape2パッケージから）を使用して特定のデータフレームを再形成しようとすると、RStudioがクラッシュしました。クラッシュが実際に R 自体で発生していることを発見したので、R.app でキャスト コードを実行したところ、このサイトにその名前を付けるタイプのエラーが発生しました: Error: segfault from C stack overflow. Google と SO の助けを借りて、これがメモリ アクセス エラーであることを知りました。

さて、ここまで来ましたが、ここからどこへ行くべきかわかりません。私のデータフレームは約558,000行で、小さなおもちゃの例では問題が発生しないため、真に再現可能な例を提供することはできません. たとえば、データの 50,000 行のサブセットを取得したとしても、dcast問題なく動作します。問題を引き起こしている特定のデータ行がある可能性はありますか? もしそうなら、私が得ているタイプのエラーを引き起こしている可能性のある、探すべき機能を誰でも提案できますか?

これは、私がキャストしているデータ フレームのサブセット (一部の変数には偽の値を使用) で、その後に使用しているキャスト関数が続きます。また、この小さなデータ スニペットをdput以下の関数に含めました。これをいじってみると役立つ場合があります。実際のデータセットには、 の約 700 個の値prog、 の 15 個の値prog1、および の 5 個の値がありfa.typeます。

  id        term   yr    nslds acad.lev    prog            prog1 fa.type amount
1  1   Fall 2009 2010 Graduate Graduate  loan 1      Other Loans    Loan   5000
2  1 Spring 2010 2010 Graduate Graduate  loan 1      Other Loans    Loan   5000
3  2   Fall 2009 2010 Graduate Graduate  loan 2    Stafford Loan    Loan   8781
4  2 Spring 2010 2010 Graduate Graduate  loan 2    Stafford Loan    Loan   8781
5  3   Fall 2007 2008 Graduate Graduate  loan 3    Stafford Loan    Loan   4250
6  3   Fall 2007 2008 Graduate Graduate grant 1 University Grant   Grant   1707

fa.wide = dcast(id + term + yr + nslds + acad.lev ~ prog1 + fa.type , data=fa, value.var="amount", fun.aggregate=sum)

fa = structure(list(id = c(1, 1, 2, 2, 3, 3), term = structure(c(7L, 
8L, 7L, 8L, 1L, 1L), .Label = c("Fall 2007", "Spring 2008", "Summer 2008", 
"Fall 2008", "Spring 2009", "Summer 2009", "Fall 2009", "Spring 2010", 
"Summer 2010", "Fall 2010", "Spring 2011", "Summer 2011", "Fall 2011", 
"Spring 2012", "Summer 2012", "Fall 2012", "Spring 2013"), class = c("ordered", 
"factor")), yr = c(2010L, 2010L, 2010L, 2010L, 2008L, 2008L), 
    nslds = structure(c(7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L), .Label = c("1st Year, Never Attended", 
    "1st Year, Previously Attended", "2nd Year", "3rd Year", 
    "4th Year", "5th Year+", "Graduate"), class = c("ordered", 
    "factor")), acad.lev = structure(c(6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L
    ), .Label = c("Freshman", "Sophomore", "Junior", "Senior", 
    "PB Undergrad", "Graduate"), class = c("ordered", "factor"
    )), prog = c("loan 1", "loan 1", "loan 2", "loan 2", "loan 3", 
    "grant 1"), prog1 = c("Other Loans", "Other Loans", "Stafford Loan", 
    "Stafford Loan", "Stafford Loan", "University Grant"), fa.type = structure(c(3L, 
    3L, 3L, 3L, 3L, 2L), .Label = c("Athletic", "Grant", "Loan", 
    "Scholarship", "Waiver", "Work/Study"), class = "factor"), 
    amount = c(5000, 5000, 8781, 8781, 4250, 1707)), .Names = c("id", 
"term", "yr", "nslds", "acad.lev", "prog", "prog1", "fa.type", 
"amount"), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame")
4

3 に答える 3

7

これは答えではありませんが、コメントに収まらない単純な (無意味な) 再現可能な例です。この簡単な例 (私の MacBookPro) でこのエラーを再現できます。

require(reshape2)
n = 1448
df <- data.frame( Student = rep( 1:n , each = 2 ) , Grade = sample( 100 , n*2 , repl = TRUE ) )
df2 <- dcast( df , Student ~ Student , value.var = "Grade" , sum )
Error: segfault from C stack overflow

エラーは境界n = 1448で発生します。つまり、いつ以下では発生しませんn=1447。パッケージからエラーが発生しているようsplit_indicesです。グループ化レベルの数が（符号なし？）整数値に割り当てられているという事実に関係している可能性があり、グループ数が32767を超えるとメモリアクセスエラーが発生しますが、TBH私は今ストローをつかんでいます. split-numeric.cplyr

sessionInfo()誰かがこのエラーを再現できない場合の私の場合は次のとおりです。

R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

locale:
[1] en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8/C/en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] reshape2_1.2.2

loaded via a namespace (and not attached):
[1] plyr_1.8      stringr_0.6.2

興味深いことに、df2 <-最初のエラーが発生した後にコマンドを再度実行すると、R が完全にクラッシュし、OS によって生成されたエラー レポートが表示されます。クラッシュ ログの関連部分をここに含めます。

Exception Type:  EXC_BAD_ACCESS (SIGSEGV)
Exception Codes: KERN_PROTECTION_FAILURE at 0x00007fff5f3ff120

VM Regions Near 0x7fff5f3ff120:
    JS JIT generated code  00004d431a401000-00004d431a402000 [    4K] ---/rwx SM=NUL  
--> STACK GUARD            00007fff5bc00000-00007fff5f400000 [ 56.0M] ---/rwx SM=NUL  stack guard for thread 0
    Stack                  00007fff5f400000-00007fff5fc00000 [ 8192K] rw-/rwx SM=COW  thread 0

Application Specific Information:
objc[57147]: garbage collection is OFF

Thread 0 Crashed:: Dispatch queue: com.apple.main-thread
0   libsystem_c.dylib               0x00007fff897c4632 small_free_scan_madvise_free + 41
1   libsystem_c.dylib               0x00007fff897c5f06 szone_free_definite_size + 4186
2   libsystem_c.dylib               0x00007fff897fe789 free + 194
3   libR.dylib                      0x0000000100222dbf R_gc_internal + 7327 (memory.c:952)
4   libR.dylib                      0x0000000100224919 Rf_allocVector + 841 (memory.c:2356)
5   plyr.so                         0x000000010144bd2c split_indices + 204 (split-numeric.c:23)
6   libR.dylib                      0x00000001001b4cc7 do_dotcall + 16311 (dotcode.c:593)
7   libR.dylib                      0x00000001001e4448 Rf_eval + 1672 (eval.c:494)
8   libR.dylib                      0x00000001001e5edd do_begin + 141 (eval.c:1415)
9   libR.dylib                      0x00000001001e429c Rf_eval + 1244 (eval.c:468)
10  libR.dylib                      0x00000001001e93b1 Rf_applyClosure + 849 (eval.c:861)
11  libR.dylib                      0x00000001001e41b2 Rf_eval + 1010 (eval.c:512)
12  libR.dylib                      0x00000001001e74e5 do_set + 709 (eval.c:1717)
13  libR.dylib                      0x00000001001e429c Rf_eval + 1244 (eval.c:468)
14  libR.dylib                      0x00000001001e5edd do_begin + 141 (eval.c:1415)
15  libR.dylib                      0x00000001001e429c Rf_eval + 1244 (eval.c:468)
16  libR.dylib                      0x00000001001e93b1 Rf_applyClosure + 849 (eval.c:861)
17  libR.dylib                      0x00000001001e41b2 Rf_eval + 1010 (eval.c:512)
18  libR.dylib                      0x00000001001e74e5 do_set + 709 (eval.c:1717)
19  libR.dylib                      0x00000001001e429c Rf_eval + 1244 (eval.c:468)
20  libR.dylib                      0x00000001001e5edd do_begin + 141 (eval.c:1415)
21  libR.dylib                      0x00000001001e429c Rf_eval + 1244 (eval.c:468)
22  libR.dylib                      0x00000001001e429c Rf_eval + 1244 (eval.c:468)
23  libR.dylib                      0x00000001001e5edd do_begin + 141 (eval.c:1415)
24  libR.dylib                      0x00000001001e429c Rf_eval + 1244 (eval.c:468)
25  libR.dylib                      0x00000001001e93b1 Rf_applyClosure + 849 (eval.c:861)
26  libR.dylib                      0x00000001001e41b2 Rf_eval + 1010 (eval.c:512)
27  libR.dylib                      0x00000001001e74e5 do_set + 709 (eval.c:1717)
28  libR.dylib                      0x00000001001e429c Rf_eval + 1244 (eval.c:468)
29  libR.dylib                      0x00000001001e5edd do_begin + 141 (eval.c:1415)
30  libR.dylib                      0x00000001001e429c Rf_eval + 1244 (eval.c:468)
31  libR.dylib                      0x00000001001e93b1 Rf_applyClosure + 849 (eval.c:861)
32  libR.dylib                      0x00000001001e41b2 Rf_eval + 1010 (eval.c:512)
33  libR.dylib                      0x00000001001e74e5 do_set + 709 (eval.c:1717)
34  libR.dylib                      0x00000001001e429c Rf_eval + 1244 (eval.c:468)
35  libR.dylib                      0x000000010021c761 R_ReplDLLdo1 + 481 (main.c:362)
36  org.R-project.R                 0x0000000100022c24 run_REngineRmainloop + 196
37  org.R-project.R                 0x00000001000159b7 -[REngine runREPL] + 119
38  org.R-project.R                 0x0000000100001f24 main + 852
39  org.R-project.R                 0x0000000100001914 start + 52
于 2013-04-21T21:26:20.233 に答える
1

パッケージ reshape2 で dcast を使用して、長いテーブルを広いテーブルにピボットする際に同じ問題が発生しています。この投稿plyr split_indices function crashes for long vectorsで解決策を見つけました。具体的には、このページhttps://github.com/hadley/plyr/tree/master/srcで split_numeric.c と loop-apply.c をダウンロードできます。パッケージ plyr を R コンソールからアンインストールし、最後にパッケージをローカルに再インストールします: install.packages('/path/to/source', repos=NULL, type='source')。

これで私の問題は解決します。

于 2013-11-07T18:33:41.403 に答える