あなたの質問は正確な答えを書くために少し曖昧ですが、私はいくつかの提案があります:
- シェルは、コマンド(パイプ、待機など)をリンクし、ロジックを少しコーディングするように設計されています。シェルは解釈され、更新は非常に簡単ですが、シンプルに保つ必要があります。それらはシステムの基本的な部分である可能性があります。
 
launchプロセスを開始し、stdoutとstderrを(2つのスレッドで)キャプチャして、ドライバーのログを書き込む独自のメソッドを記述します。 
- 宣言的に指定するXMLファイルを設計します。
- プロセスパス、それらの引数(静的なもの)
 
- ジョブ間の並列処理と同期
 
 
- XMLプロセスモデルを反映するようにJavaでモデルを記述します(JAXBが解決策になる場合があります)
 
- 一連のジョブを待機する機能をモデルに追加します
 
- モデルに修飾子を追加して、引数の値を動的に変更します
 
私があなたの問題を分類しようとすると、私は主に制御フローで考えます。
大きな問題を解決するには、並列処理を使用できます。複数のプロセスを同時に起動し、すべてのプロセスが終了するのを待ちます。これは、ランデブーフェーズまたは参加フェーズです。おそらく、別のネットワークコンピュータに対してリモートコマンドを起動することができます。
XMLファイルに並列処理を指定する方法の良い例は、ANTビルドファイルです。
<parallel>
  <wlrun ... >
  <sequential>
    <sleep seconds="30"/>
    <junit fork="true" forkmode="once" ... >
    <wlstop/>
  </sequential>
</parallel>
プログラミングせずにANTを使用して問題を解決することをお勧めしますか?
紙とペンを使って、希望する処刑の絵が役立つかもしれません... ;-)
いくつかのグラフィカルアプリケーションは、制御フローの論理図を描くのに役立つ場合があります。完了したら、ここに公開してください。より正確な回答が得られることを願っています...