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そのため、最近この問題に頻繁に遭遇しています。ファイルを読み取る必要があるテキスト ファイルがあり、いくつかの値をリストに格納するとします。次に、そのリストの情報を使用して、別のファイルを編集したいと考えています。
ファイルを開き、変数をリストに保存し、ファイルを閉じています。ファイルを再度開き、実際の分析を実行して、ファイルを再度閉じます。
これについてはもっと良い方法があるのではないかと考えています。以下に例を含めました...

いつものように、私はどんな助け/提案にも感謝します!

私はこのファイルを持っています：

>sctg_0002_0001  length=2745
TCCCCCTCCCGTACCGGTTTGCGCTATTATACCGGCCTTGAATCGAGCAAAGGCTCCAAACAATTTCATTACAAACAGATTGGGGATGTATGACGTGGCT
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
TTGACACGCTTGTTTCTGATGTCATCACCCATGAAGAGCTGTTATTTGGCCACCTGGCGTTCCTGCCTAAGCGTTGAGTGAATATTAAACACCTCTGCCC
>sctg_0003_0001  length=2175
CAACAACCACTCTTAGCGCTGCTTGCCGCTGCCGATACCGAACGGGATGCGGTAGTCGCTGCTCTGCTCACCCAGACTCACGGTCAGGTTGCCCTGAGTA
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
...

このスクリプトを実行すると

from Bio import SeqIO
out=open("out.txt","a")
ID=[]
for record in SeqIO.parse("input.fas","fasta"):
    ID.append("_".join(str(record.id).rsplit("_")[1:])) #get the part following the ">"

n=1
for record in SeqIO.parse("input.fas","fasta"):
    if n==len(ID):
        #print >>out, n
        print >>out, "SEQUENCE_ID="+record.id+"e_"+ID[0]+"b"
        print >>out, "SEQUENCE_TEMPLATE ="+record.seq
        print >>out, "="
        n=n+1
        break
    else:
        #print >>out, n
        print >>out, "SEQUENCE_ID="+record.id+"e_"+ID[n]+"b"
        print >>out, "SEQUENCE_TEMPLATE ="+record.seq
        print >>out, "="
        n=n+1
out.close()

期待どおりの出力が得られますが、もっと良い方法があるのではないかと考えています

SEQUENCE_ID=sctg_0002_0001e_0003_0001b
SEQUENCE_TEMPLATE =TCCCCCTCCCGTACCGGTTTGCGCTATTATACCGGCCTTGAATCGAGCAAAGGCTCCAAACAATTTCATTACAAACAGATTGGGGATGTATGACGTGGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACACGCTTGTTTCTGATGTCATCACCCATGAAGAGCTGTTATTTGGCCACCTGGCGTTCCTGCCTAAGCGTTGAGTGAATATTAAACACCTCTGCCC
=
SEQUENCE_ID=sctg_0003_0001e_0004_0001b
SEQUENCE_TEMPLATE =CAACAACCACTCTTAGCGCTGCTTGCCGCTGCCGATACCGAACGGGATGCGGTAGTCGCTGCTCTGCTCACCCAGACTCACGGTCAGGTTGCCCTGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
=
SEQUENCE_ID=sctg_0004_0001e_0005_0001b
SEQUENCE_TEMPLATE =CAACAACCACTCTTAGCGCTGCTTGCCGCTGCCGATACCGAACGGGATGCGGTAGTCGCTGCTCTGCTCACCCAGACTCACGGTCAGGTTGCCCTGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
=
SEQUENCE_ID=sctg_0005_0001e_0002_0001b
SEQUENCE_TEMPLATE =CAACAACCACTCTTAGCGCTGCTTGCCGCTGCCGATACCGAACGGGATGCGGTAGTCGCTGCTCTGCTCACCCAGACTCACGGTCAGGTTGCCCTGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
=
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すべての処理を 1 回のループで行うことができ、 list の使用を避けることができますID。私はそれがずっときれいだと思います：

from Bio import SeqIO
out = open("out.txt", "a")
records = list(SeqIO.parse("input.fas","fasta"))
previous = records[-1]
for record in records:
    id = "_".join(str(record.id).rsplit("_")[1:])
    out.write("SEQUENCE_ID=" + previous.id + "e_" + id + "b\n")
    out.write("SEQUENCE_TEMPLATE =%s\n=\n" % previous.seq)
    previous = record
out.close()
于 2013-03-07T22:14:32.423 に答える