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バイオインフォマティクスライブラリを簡単に利用できる関数型プログラミング言語はどれですか？

（ Rubyなどのマルチパラダイム言語を含めないでください）

更新：現在、バイオインフォマティクスライブラリに簡単にアクセスできない主要な関数型プログラミング言語のリストも歓迎します。

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Rは機能的であり、マルチパラダイム言語ではないと思いますか？

もしそうなら、Rはバイオインフォマティクスのためのライブラリの最大のセットを持っています。CRANには多くのモジュールがありますが、BioConductorはあなたが探しているものです。それは活発なコミュニティであり、ほとんどの図書館は査読ジャーナルに掲載されています。

注：perl、python、およびC / C ++とJavaでのいくつかの小さな努力を除けば、他のプログラミング言語には優れたバイオインフォマティクスライブラリがまったくないと思います。

于 2009-10-09T16:23:58.767 に答える
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私は最初の本格的なBioScalaプロジェクトを開始しました。これには、./docにチュートリアルと設計哲学が含まれています。さらに、blog.thebird.nlでバイオインフォマティクスにScalaを使用する方法について説明しています。BioScalaは進行中の作業です。ScalaのBioJavaとBioRubyの両方を使用できるので（そしてすぐにBioLibも）、すぐに実行に移すことができます。

于 2010-06-26T10:40:12.633 に答える
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最もよく管理された、多目的の、言語固有のバイオインフォマティクスライブラリは、Open Bioinformatics Foundation（BioPerl、Biopython、BioJava、BioRuby、およびBioLib（C ++））によってサポートされています。これらのライブラリは非常に便利なので、別の言語を使用したい場合でも、これらの言語の1つでスクリプトを作成する方が簡単なことがよくあります。

Andrewが指摘したように、ScalaやClojureなどのJVMベースの関数型言語からBioJavaを使用できます。

BioLibは他の言語よりも新しいですが、SWIGとうまく連携することを目的としているため、他の言語でもリンクできます。Haskellは優れたFFIを備えているため、NCBIツールキットライブラリであるBiolibで使用してみることができます。これらはおそらくBioHaskellよりも適切に維持されています。

于 2009-12-04T03:28:16.713 に答える
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逆に、Haskellでプログラムを書くのはとても便利なので、他の誰かのあいまいな命令型コードを理解しようとするよりも、不足している機能を自分で提供する方が簡単なことがよくあります。

Ericは私のメンテナンススキルに問題を抱えていますが（パッチは受け入れられます）、Haskellはバイオインフォマティクスのための優れたプラットフォームであり、ユーザーが簡潔でパフォーマンスの高いコードを記述できるようになると思います。私のために働く！

于 2010-04-13T12:47:03.537 に答える
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于 2009-10-07T00:02:20.627 に答える
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そして、一緒にBioRuby、あなたはbiogemのコアにないパッケージのbiorubyために持っているので、あなたはもっとたくさんのパッケージを持っています。

于 2013-07-19T19:19:41.063 に答える