ネストされた操作または2つのウィンドウでの操作のいずれかを作成しようとしています。次のように機能する1つのウィンドウが必要です。
Manipulate[Graphics[Polygon[pt],
PlotRange -> 2], {{pt, {{0, 0}, {1, 0}, {1, 1}, {0, 1}, {1, -1}}},
Locator, LocatorAutoCreate -> True}]
ただし、その座標を別のウィンドウに出力します。このウィンドウは、これらの座標を使用して、指定されたグラフをプロットします。Manipulateがこれに最適なオプションであるかどうかはわかりませんが、基本的には、ユーザーがポリゴンを指定できるビジュアルインターフェイスを作成しようとしています。その後、プログラムはそれらの座標の情報を使用して、指定された3Dプロットをプロットします。
操作から座標を出力する方法や、それを行う方法を知っていれば、これを行う方法を理解できると思います。