HDF5 データ ストレージは C 規則を使用します。つまり、行列 A(N,M,K) をバイナリ ファイルに格納する場合、格納されたデータの最も速く変化する次元のサイズは N になります。 HDF5、HDF5 は C と一致するように行列を自動的に転置します。
Fortran で作成されたフォーマットされていないバイナリ ファイルにサイズ (256 x 128 x 256) のデータが格納されています。以下のプログラムを使用して、h5形式に変換しようとしています。しかし、最終的な出力は、格納された行列の次元を (128,256,256) として示しています。最終的な hd5 ファイルが視覚化ソフトウェア (Paraview) で正しく視覚化できるようにするために何をすべきかわかりません。
PROGRAM H5_RDWT
USE HDF5 ! This module contains all necessary modules
IMPLICIT NONE
CHARACTER(LEN=6), parameter :: out_file = "out.h5" ! File name
CHARACTER(LEN=6), parameter :: in_file = "in.dat" ! File name
CHARACTER(LEN=4), parameter :: dsetname = "vort"! Dataset name
CHARACTER(LEN=50) :: len
INTEGER(HID_T) :: in_file_id ! File identifier
INTEGER(HID_T) :: out_file_id ! File identifier
INTEGER(HID_T) :: dset_id ! Dataset identifier
INTEGER(HID_T) :: dspace_id ! Dataspace identifier
INTEGER :: in_file_id = 23
INTEGER :: nx = 256, ny=128, nz=256
INTEGER(HSIZE_T), DIMENSION(3) :: dims ! Dataset dimensions
INTEGER :: rank = 3 ! Dataset rank
INTEGER :: error ! Error flag
INTEGER :: i, j, k, ii, jj, kk ! Indices
REAL, allocatable :: buff_r(:,:,:) ! buffer for reading from input file
dims(1) = nx
dims(2) = ny
dims(3) = nz
allocate(buff_r(nx,ny,nz))
! Read the input data.
open (in_file_id,FILE=in_file,form='unformatted',access='direct',recl=4*nx*ny*nz)
read (in_file_id,rec=1) buff_r
! Initialize FORTRAN interface of HDF5.
CALL h5open_f(error)
! Create a new file.
CALL h5fcreate_f (out_file, H5F_ACC_TRUNC_F, out_file_id, error)
! Create the dataspace.
CALL h5screate_simple_f(rank, dims, dspace_id, error)
! Create the dataset with default properties.
CALL h5dcreate_f(out_file_id, dsetname, H5T_NATIVE_REAL, dspace_id, &
dset_id, error)
! Write the dataset.
CALL h5dwrite_f(dset_id, H5T_NATIVE_REAL, buff_r, dims, error)
! End access to the dataset and release resources used by it.
CALL h5dclose_f(dset_id, error)
! Terminate access to the data space.
CALL h5sclose_f(dspace_id, error)
! Close the file.
CALL h5fclose_f(out_file_id, error)
! Close FORTRAN interface.
CALL h5close_f(error)
deallocate(buff_r)
END PROGRAM H5_RDWT
何が起こっているかを説明するために、次のスクリプトを使用してサンプル データ ファイルを生成しています。
program main
!-------- initialize variables -------------
character(8) :: fname
integer, parameter:: n = 32
real*8, dimension(n,n,2*n) :: re
integer i,j,k, recl
Inquire( iolength = recl ) re
!------ fill in the array with sample data ----
do k = 1, 2*n
do j = 1, n
do i = 1, n
re(i,j,k) = 1.0
end do
end do
end do
!------ write in data in a file -----------
write(fname, "(A)") "data.dat"
open (10, file=fname, form='unformatted', access='direct', recl=recl)
write(10,rec=1) re
close(10)
stop
end program main
Ian Bush のプログラムをコピーして貼り付け、nx、ny、nz の値をそれぞれ 32、32、64 に変更しました。生成された h5 ファイルの寸法は (32,32,64) であると予想されます。しかし、それは (64,32,32) になりつつあります。これが私のマシンで起こっていることです：
[pradeep@laptop]$gfortran generate_data.f90
[pradeep@laptop]$./a.out
[pradeep@laptop]$ls -l data.dat
-rw-r--r-- 1 pradeep staff 524288 Mar 12 14:04 data.dat
[pradeep@laptop]$h5fc convert_to_h5.f90
[pradeep@laptop]$./a.out
[pradeep@laptop]$ls -l out.h5
-rw-r--r-- 1 pradeep staff 526432 Mar 12 14:05 out.h5
[pradeep@laptop]$h5dump -H out.h5
HDF5 "out.h5" {
GROUP "/" {
DATASET "data" {
DATATYPE H5T_IEEE_F64LE
DATASPACE SIMPLE { ( 64, 32, 32 ) / ( 64, 32, 32 ) }
}
}
}
同じものが表示されている場合は、確認してください。