CodeIgniter のコントローラーからファイルにいくつかのコンテンツを追加する必要があります。私のローカル環境では、これを行って正常に動作します。
$handle = fopen(APPPATH."config/file.php", "a+");
fwrite($handle, $stuff);
fclose($handle);
ただし、本番環境サーバーで実行すると、ファイルは変更されないようです。
最初はパーミッションの問題かもしれないと思っていましたが、ディレクトリのchmoding 777 も機能していないようです