両者はまったく別物であり、一概に比較できるものではないと思います。両方が共存し、別々の機能を持っており、どれも廃止されていません。
ジョブはクラスターにジョブを送信するために使用されるのではなく、既に実行されている、または実行中のジョブに関する情報を取得するために使用されます。また、実行中のジョブを強制終了したり、特定のタスクを強制終了するためにも使用されます。
jarは単にカスタム mapred jar を実行するために使用されますが、例:
$ bin/hadoop jar /usr/joe/wordcount.jar org.myorg.WordCount /usr/joe/wordcount/input /usr/joe/wordcount/output
Hadoop ジャー
jar ファイルを実行します。ユーザーは、Map Reduce コードを jar ファイルにバンドルし、このコマンドを使用して実行できます。
使用法: hadoop jar [mainClass] args...
Hadoop ジョブ
Map Reduce ジョブを操作するコマンド。
*使用法: Hadoop ジョブ [GENERIC_OPTIONS] [-submit] | [-ステータス] | [-カウンター] | [-殺す] | [-events <#-of-events>] | [-履歴 [すべて] ] | [-リスト [すべて]] | [-kill タスク] | [-fail-タスク] | [-set-priority]*
詳細については、こちらをお読みください。