古い Win XP 32 ビット リグで KSP を実行しようとしたときに、同じ問題に遭遇しました。cmd.exe は、Vista、IIRC まで /affinity スイッチを受け取りませんでした。
OP は 1 年以上前のものですが、一部のユーザーにとってはまだ問題になっています。解決策は、cmd.exe の代わりに Sysinternals の psexec.exe を使用することです。これは次の場所にあります。
http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb897553.aspx
Microsoft の Sysinternal の psexec の -a フラグは、Windows XP でプロセッサ アフィニティを設定できます。
Usage: psexec [\\computer[,computer2[,...] | @file][-u user [-p psswd]][-n s][-l][-s|-e][-x][-i
[session]][-c [-f|-v]][-w directory][-d][-][-a n,n,...] cmd [arguments]
-a Separate processors on which the application can run with
commas where 1 is the lowest numbered CPU. For example,
to run the application on CPU 2 and CPU 4, enter:
"-a 2,4"
例えば:
psexec -a 2 cmd /c "E:Games\KSP\KSP.exe"
2 番目のコアで KSP を実行します。(タスク マネージャーのコア 1)
システムのパスを修正し、それを .bat またはショートカットの [ターゲット] フィールドに入れるだけです。
余談ですが、PsTools (または単に PsExec.exe) を C:\Windows またはシステム パスにある別のフォルダーに抽出するか、KSP ルートに配置する必要があります。