以下のシーンを確認してください:
cmakelists_1.txt
set( variable_name
${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/sub_folder1
${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/sub_folder2
)
cmakelists_2.txt
include_directories(
${variable_name}
)
cmakelists_2 が実行されると、sub_folders に存在するファイルは含まれません。ただし、cmakelists_1 で sub_folders の絶対パスを指定すると機能します。
何か不足している場合は指摘してください。