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Rのヒートマップ関数の樹状図（Colv、Rowv）に関する情報資料をいただければ幸いです。クラスタリングがどのように機能するかなど（ユークリッド距離ですか？）。あなたは長い説明を投稿する必要はありません、私は私がいくつかのオンライン調査をすることができるように私を正しい軌道に乗せることができるいくつかのキーワードについてすでに満足しています。

これはヘルプマニュアルからの抜粋ですが、少し混乱します。この文脈で「名誉ある」とはどういう意味で、並べ替えとどう違うのですか？

RowvまたはColvのいずれかが樹状図である場合、それらは尊重されます（並べ替えられません）。

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3 に答える 3

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RowvColvデータセットの行と列を並べ替える必要があるかどうか、および並べ替える場合はその方法を制御します。

それらの可能な値はTRUE、、、、整数のベクトル、または樹状図オブジェクトですNULL。FALSE

  • デフォルトモードTRUEでは、heatmap.2はパラメータhclustfunとdistfunパラメータを使用してクラスタリングを実行します。これは、デフォルトで、ユークリッド距離測定を使用して、リンケージクラスタリングを完了します。次に、樹状図は行/列の平均を使用して並べ替えられます。hclustfunまたはにさまざまな関数を指定することで、これを制御できますdistfun。たとえば、ユークリディアン距離ではなくマンハッタン距離を使用するには、次のようにします。

    heatmap.2(x,...,distfun=function (y) dist(y,method = "manhattan") )

    チェックアウトし?distて?hclust。クラスタリングについて詳しく知りたい場合は、「距離測度」と「凝集法」から始めることができます。

  • Rowv/Colvがそうである場合、NULLまたはその場合FALSE、並べ替えやクラスタリングは行われず、行列はそのままプロットされます。

  • Rowv/Colvが数値ベクトルの場合、クラスタリングはのように計算され、TRUE樹状図の並べ替えはRowv/に提供されたベクトルを使用して行われColvます。

  • Rowv/が樹状図オブジェクトの場合Colv、この樹状図はマトリックスの並べ替えに使用されます。樹状図オブジェクトは、たとえば、次の方法で生成できます。

    rowDistance = dist(x, method = "manhattan")
rowCluster = hclust(rowDistance, method = "complete")
rowDend = as.dendrogram(rowCluster)
rowDend = reorder(rowDend, rowMeans(x))

    これは、行平均で順序付けられた、マンハッタン距離での完全なクラスタリングを生成します。これで、に渡すことができrowDendますRowv。

    heatmap.2(x,...,Rowv = rowDend)

    これは、たとえば、行と列をさまざまな方法でクラスタリングしたい場合、他の誰かが提供したクラスタリングを使用したい場合、またはhclustfunとdistfunを指定するだけでは対応できないファンキーなことをしたい場合に便利です。 。これは、「樹状図が尊重される」という意味です。hclustfunおよびdistfunで指定されているものの代わりに使用されます。

于 2013-03-13T16:48:43.843 に答える
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Rowv / Colvを正確に処理する方法を調べるためにbody(heatmap)、ソースを表示するために使用することもできます。

于 2013-03-14T12:29:16.873 に答える
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マニュアルから：

distfun：行と列の両方の間の距離（非類似度）を計算するために使用される関数。デフォルトはdistです。

hclustfun：RowvまたはColvが樹状図ではない場合に階層的クラスタリングを計算するために使用される関数。デフォルトはhclustです。distfunの結果を引数として取り、as.dendrogramを適用できるオブジェクトを返す必要があります。

dist()デフォルトでは、ユークリッド距離とhclust()完全なリンケージ方法があります。

于 2013-03-13T14:33:13.820 に答える