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freadを使用してゲノムアラインメントをRのに読み込もうとしていdata.tableます。アラインメントファイルのスナップショットは次のとおりです。

USI-EAS28:1:100:1786:674#0/1    +   1_maternal  68326824      CTCAATTATACTGAAAGAAACACAATATATCATA    IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
USI-EAS28:1:100:1786:940#0/1    +   16_maternal 11407541    CTATTAGTGACCTGCTGTGGGACCTTGGGATGGT  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
USI-EAS28:1:100:1786:705#0/1    +   1_maternal  63849584    CTGAGGGTTTGTGTCAGGAAGGGGTGTGGAATTG  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   0:T>C
USI-EAS28:1:100:1786:1168#0/1   -   5_maternal  31381649    GCATCATTCATGAAACAATTTTCAAGAGAGGAAA  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1787:582#0/1   +   10_maternal 54587781    CTACAATAATAATAGGGGACTAAAACACCCCACT  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1787:62#0/1    +   10_maternal 70390747     CTATTTGCTACTGAATTGTTAATTTTAAAACAGT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1788:573#0/1   -   7_maternal  92583837     CACTGTCAACATTAGACAGACCAATGAGACAAAG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1788:854#0/1   +   7_maternal  129611206    GTTTGTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCATTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   32:C>T
 USI-EAS28:1:100:1788:185#0/1   -   13_maternal 23694307    CAAACAAACTCAAAATGGACTATCGACTGAAAAA  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1788:1339#0/1  -   13_maternal 33699510    TTAACTCTAGTTTTTAGGGATTGCAAATTAGACG  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   0:A>G

2番目の列は、読み取りが整列するストランドを報告します（+順方向、-逆方向）。残念ながら、freadはこの列を整数に読み込もうとしており、値は常に0に割り当てられています。この列は、文字、またはブール値として読み取る必要があります。sep引数で遊んでみてsep2も役に立たない。

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報告していただきありがとうございます。v1.8.9 commit 849で修正され+、-文字として読み取られるようになり、テストが追加されました。

ところで、検出するcolClasses列タイプをオーバーライドできるように追加する予定です。fread関連する未解決のToDoリストfreadは、ソースファイルの上部にあります：
https ：//r-forge.r-project.org/scm/viewvc.php/pkg/src/fread.c？view = markup＆root = datatable

于 2013-03-13T15:11:05.273 に答える