r - Rによるヒートマップの白い領域

Question

ヒートマップ プロットに奇妙な問題があります。白い領域がありますが、白色を指定したことはありません。

# cluster.in.da is my data
cluster.in.da <- t(scale(t(cluster.in.da)))
quantile.range <- quantile(cluster.in.da, probs = seq(0, 1, 0.01))
palette.breaks <- seq(quantile.range["5%"], quantile.range["95%"], 0.01)
color.palette  <- colorRampPalette(c("green", "black", "blue"))(length(palette.breaks) - 1)
heatmap(cluster.in.da,scale="none",breaks=palette.breaks,col=color.palette)

白い領域は何を意味しますか? 私のデータに何か関係があると思いますが、何が問題なのですか?

前もって感謝します。

Answer 1

最も可能性が高いのは、5 ～ 95% の分位点の制限から抜け出すように設定したためです。R は、この範囲外の値を割り当てる色を認識していません。例...

#No NA's in the data
m <- matrix( rnorm(100) , nrow = 10 )
quantile.range <- quantile( m , probs = seq(0, 1, 0.01) )
palette.all <- seq( quantile.range["0%"], quantile.range["100%"], 0.01 )
palette.half <- seq( quantile.range["50%"], quantile.range["100%"], 0.01 )


color.palette  <- colorRampPalette(c("green", "black", "blue"))(length(palette.all) -1)
h.all( m , scale="none",breaks=palette.all,col=color.palette)

color.palette  <- colorRampPalette(c("green", "black", "blue"))(length(palette.half) -1)
h.all( m , scale="none",breaks=palette.half,col=color.palette)