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Jofdata.tableを使用した関数でRパッケージを作成しようとしています。を実行するR CMD checkと、注：「J」のグローバル関数定義が表示されませんが、DESCRIPTIONファイルに依存関係としてdata.tableを追加しました。

パッケージ：rfPred
タイプ：パッケージ
タイトル：rfPred機能予測スコアをミスセンス変異リストに割り当てます
バージョン：1.0
日付：2013-03-14
作成者：me
メンテナ：me
依存：data.table
[..]

作成したいパッケージでdata.tableパッケージの別の関数を使用しようとしましたが、Jの場合と同じ問題は発生していません。

解決策はありますか？

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J()独立した関数がから削除されたためdata.table。それはまだ機能している内部DT[...]でのみ使用されます。ただし、自分のパッケージに依存して正しくdata.table使用しているパッケージの場合J()、注を回避するために追加の手順が必要です（以下を参照）。

最初に背景と理由J()が削除されました。ニュースからの抜粋：

v1.8.2（2012年7月）：

  • J（）エイリアスはDT [...]の外部では非推奨になりましたが、DT [J（...）]のように、DT[...]の内部でも機能します。J（）は、パッケージXLConnect（＃1747）およびrJava（＃2045）の関数J（）と競合しています。data.tableの変更は簡単で、効率にもいくつかの利点があります。data.tableの次のバージョンは、DT [...]の外部で使用されると、J（）から警告を発行します。後のバージョンはそれを削除します。そうして初めて、rJavaおよびXLConnectとの競合が解決されます。DT [...]の外部では、J（）の代わりにdata.table（）を直接使用してください。

v1.8.4（2012年11月）：

  • J（）は、DT [...]の外部で使用することは非推奨であるという警告を（DT [...]の外部で使用する場合）発行するようになりました。v1.8.2の以下の項目を参照してください。DT [...]の外部で、J（）の代わりにdata.table（）を直接使用します。または、自分でエイリアスを定義します。J（）は、文書化されているようにDT[...]内で引き続き機能します。

v1.8.8（現在、CRAN、2013年3月）：

  • J（）エイリアスはDT [...]の外部で削除されましたが、DT[...]の内部では引き続き機能します。つまり、DT [J（...）]で問題ありません。v1.8.2で警告され（このファイルの以下を参照）、v1.8.4ではwarning（）で非推奨になりました。これにより、パッケージXLConnect（＃1747）およびrJava（＃2045）の関数J（）との競合が解決されます。DT [...]の外部では、J（）の代わりにdata.table（）を直接使用してください。

余談ですが、r-develには最近関連するスレッドもありました：http：
//r.789695.n4.nabble.com/conflict-between-rJava-and-data-table-tp4659935p4659984.html

R CMD checkさて、あなたのパッケージで作成されたノートのために

パッケージはJ()内部DT[...]で使用されており、正常に機能しています。唯一の問題は、RCMDチェックからの注記です。

no visible global function definition for 'J'

既知のオプションはすべて次のとおりです。

  • 注は無視してください。（私もこれが好きではありませんが、オプションとしてだけです）。警告とエラーのみを処理する必要があります。
  • Jに置き換えlistます。それは同等です。
  • J=NULLパッケージのどこかに定義します。data.table（エクスポートを検討したJ=NULLので、必要はありませんが、プロンプトで入力するdata.tableユーザーは混乱を招く可能性があるため、エクスポートしないことにしました。）JNULL
  • または?utils::globalVariables、コメントで提案されているBenBolkerとして使用します。

この特定のNOTEのさらなる背景は、この関連する質問にあります。

グローバル変数の表示可能なバインディングがないRCMDチェックの注

于 2013-03-14T13:44:22.937 に答える