これは、AIR 3.6 ではなく AIR 3.7 で発表されたばかりです。
AIR 3.6 には、複数の SWF を iOS アプリにパッケージ化する機能が含まれていますが、外部サーバーからそれらをダウンロードすることはできません。
AIR 3.7 では、Web サイトから外部 SWF をロードする機能が提供されているようです。
アプリケーション開発者は、セカンダリ SWF を外部サーバーでホストし、この機能を使用してアプリケーション ロジックに従ってオンデマンドでロードできます。以前はローカルにパッケージ化された SWF のみで機能していた、AOT モードの ABC コードを含むセカンダリ SWF の読み込みが、外部からの SWF の読み込みでも機能するようになりました。
アプリケーションバイナリにバイトコードが含まれるようです
IPA パッケージ化中に、ADT は、サンプル テキスト ファイル内で指定されているすべての子 SWF から Actioscript コードを抽出し、それを最終的な実行可能ファイルに追加して、ストリップされた SWF を現在の作業ディレクトリに作成された「externalStrippedSwfs」フォルダーに移動します。
例については、リリース ノートの PDF を確認してください。
http://labsdownload.adobe.com/pub/labs/flashruntimes/shared/air3-7_flashplayer11-7_releasenotes.pdf