EGit Eclipse Wiki ページから:
プロジェクトをリポジトリのルート フォルダにするのはおそらく得策ではありません
その理由は、.project ファイルがルート フォルダーを占有するため、このリポジトリに別のプロジェクトを追加できないためです。プロジェクトをサブフォルダーとして追加することもできますが、この種のプロジェクトのネストは、いたるところで多くの問題を引き起こすことが知られています。別のプロジェクトを追加するには、この変更をコミットする前に、プロジェクトをリポジトリ内のサブフォルダーに移動し、2 番目のプロジェクトを別のサブフォルダーとして追加する必要があります。
これが解決策ではないことはわかっていますが、少なくともこれは、同じ名前の追加フォルダーに耐えなければならない正当な理由を示しています。
(非推奨!) 回避策
リモート リポジトリを作成/変更してから、新しいローカル プロジェクトにクローンを作成します。
まだ開発を開始していない場合、または重複したサブフォルダーの内容 (この場合は「My Long Project Name」) を git リポジトリーのルートに移動する余裕がある場合は、同じものを 2 回作成することを避けることができます。フォルダ、逆に行くことによって:
プロジェクト内のファイルをリモートリポジトリのルートに移動します。これが新しいプロジェクトの場合は、リモート リポジトリを作成します。
Eclipseの [ Git Repositories]ビューで、[ Clone a Git repository and add the clone to this view] を見つけます。手順に従って、リポジトリを URI からローカルフォルダーに複製します。
同じビューで、リスト内のリポジトリを右クリックし、[プロジェクトのインポート... ] を選択します。
.project
ルート フォルダーにファイルがある場合、つまり既に Eclipse プロジェクトの一部になっているファイルがある場合は、[既存のプロジェクトをインポート] を選択してルート フォルダーを選択すると、Eclipse が魔法のように動作するのを確認できます。
これが新しいプロジェクトである場合 (または元のファイルが Eclipse プロジェクトではない場合)、 [一般的なプロジェクトとしてインポート] を選択し、特定のプロジェクト タイプが必要な場合は、後で Eclipse でプロジェクト タイプを変更します。
免責事項:私は個人的に、この回避策を使用せず、EGit の推奨事項に従うことにしました。