各単語を変数に保存する代わりに、それらすべてをリストに保存する必要があります。完全な問題にアプローチする方法は次のとおりです。
from itertools import groupby
from operator import itemgetter
s = 'able\nacre\nbale\nbeyond\nbinary\nboat\nbrainy\ncare\ncat\ncater\ncrate\nlawn\nlist\nrace\nreact\nsheet\nsilt\nslit\ntrace\n'
words = s.strip().split()
sorted_words = (''.join(sorted(line)) for line in words)
grouped = sorted((v, i) for i, v in enumerate(sorted_words))
anagrams = [[words[i] for v, i in g] for k, g in groupby(grouped, itemgetter(0))]
結果:
>>> import pprint
>>> pprint.pprint(anagrams)
[['able', 'bale'],
['binary', 'brainy'],
['boat'],
['acre', 'care', 'race'],
['cater', 'crate', 'react', 'trace'],
['cat'],
['lawn'],
['beyond'],
['sheet'],
['list', 'silt', 'slit']]