r - GDSファイルでRでT検定を作成する方法は?

Question

私のプロジェクトは、バイオマーカーである乳がんの予測に関するものです。

この関数を使用して、2x2 行列を取得します。

Table(gpl96)[1:10,1:4]

GDS の遺伝子のサンプルを表すこのデータを取得し、p 値を比較して、正規分布しているかどうかを知りたいと考えています。

Answer 1

t.test正規分布に従う 2 つの標本の位置に違いがあるかどうかを検定します。

仮定された正規性をおおよそ確認するには、からの出力qqnormが線形に見えるかどうかを検査するかks.test、観測からのパラメーターの推定と組み合わせて使用​​します*。

set.seed(1)
x1 <- rnorm(200,40,10) # should follow a normal distribution
ks.test(x1,"pnorm",mean=mean(x1),sd=sd(x1)) # p: 0.647 [qqnorm(x1) looks linear]
x2 <- rexp(200,10) # should *not* follow a normal distribution
ks.test(x2,"pnorm",mean=mean(x2),sd=sd(x2)) # p: 3.576e-05, [qqnorm(x2) seems curved]

GEO のはわかりませんが、 、または;の入力として、2x2 行列ではなく、Tableその列を使用することをお勧めします。の出力を投稿することで、データの追加の図を提供できるかもしれません。VALUEt.testqqnormks.testhead(Table(gpl96)[1:10,1:4])

(* https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2003-October/040692.htmlの後、より洗練された Lilliefors テストを示しているようにも見えます。)