arrays - MPI - 配列のセグメントの送信

Question

だから私は倍精度の配列を持っています。受信プロセスに送信したいと思います。したがって、本質的に、特定の double をストライドで送信する方法が必要です。ダブルを送信バッファに格納する以外に、これを行う機能はありますか? 独自の派生型を作成した方がよいでしょうか?

Answer 1

間違いなく MPI データ型を作成する必要があります。これにより、MPI ライブラリは、配列からマーシャリングするための余分なコピーを回避することができます。この場合、MPI_Type_vector()を使用するのは非常に簡単です。

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <mpi.h>

int main(int argc, char** argv)
{
    int size, rank;
    const int bigsize=50;
    const int stride = 5;
    const int count = (bigsize + stride - 1)/stride;

    const int sender = 0;
    const int receiver = 1;
    const int mytag = 1;

    MPI_Init(&argc,&argv);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&size);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&rank);

    if (size < 2) {
        fprintf(stderr,"%s: Require at least two processors.\n", argv[0]);
        MPI_Finalize();
        exit(-1);
    }


    if(rank == sender)
    {
        double bigarray[bigsize];
        for (int i=0; i<bigsize; i++)
            bigarray[i] = 0.;

        for (int i=0; i<bigsize; i+=stride)
            bigarray[i] = i/stride;

        printf("[%d]: ", rank);
        for (int i=0; i<bigsize; i++)
            printf("%lf ", bigarray[i]);
        printf("\n");

        MPI_Datatype everyfifth;

        MPI_Type_vector( count, 1, stride, MPI_DOUBLE, &everyfifth);
        MPI_Type_commit(&everyfifth);

        MPI_Send(bigarray, 1, everyfifth, receiver, mytag, MPI_COMM_WORLD);

        MPI_Type_free(&everyfifth);
    }
    else if( rank == receiver )
    {
        double littlearray[count];

        MPI_Status status;

        MPI_Recv(littlearray, count, MPI_DOUBLE, sender, mytag,
                    MPI_COMM_WORLD, &status);

        printf("[%d]: ", rank);
        for (int i=0; i<count; i++)
            printf("%lf ", littlearray[i]);
        printf("\n");
    }

    MPI_Finalize();

    return 0;
}

コンパイルして実行すると

$ mpicc -o vector vector.c -std=c99
$ mpirun -np 2 ./vector
[0]: 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 2.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 3.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 4.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 5.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 6.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 7.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 8.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 9.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 
[1]: 0.000000 1.000000 2.000000 3.000000 4.000000 5.000000 6.000000 7.000000 8.000000 9.000000